Vc PCR y sus variantes

Question 1

premio nobel en Química 1993

Answer 1

Kary Mullis

Question 2

puede amplificar selectivamente una secuencia deseada de ADN de copia única q se encuentre presente en una mezcla compleja de moléculas de ADN sin purificación previa de la secuencia de interés

Answer 2

PCR

Question 2

PCR

Answer 2

reacción en cadena de la polimerasa

Question 3

logran que sólo se amplifique una zona del AND en la PCR

Answer 3

primers o cebadores (oligonucleotidos)

Question 3

sintetiza la hebra complementaria incorporando los deoxinucleotidos trifosfato (dNTPs) libres (A, T, G, C) del medio de reacción, inicialmente dirigida por los primers o cebadores

Answer 3

DNA polimerasa termoestable

Question 4

ciclos controlados de temperaturas de

Answer 4

desnaturalización
alineamiento
elongación

*Sin actividad a 4°C

Question 5

Mezcla de reacción

Answer 5

-DNA
-primers o cebadores (oligonucleotidos)
-Taq polimerasa
-dNTPs (A, T, C, G)

Question 6

ciclo 1*
aumentos de temperatura para romper

Answer 6

puentes de hidrogeno

*desnaturalización

Question 7

ciclo 1*
la temperatura de desnaturalización usualmente es de:

Answer 7

94 o 95 °C

Question 8

ciclo 1*
temperaturas mayor o igual a 90°C evitan

Answer 8

renaturalización del DNA

Question 9

ciclo 1*¿
oligonucleotidos específicos (20-23 nt) cuya secuencia es complementaria a los extremos del fragmento (zona del DNA) q se desea amplificar

Answer 9

primers o cebadores

Question 10

ciclo 1*
al disminuir la temperatura los primers:

Answer 10

hibridan especificamente en los extremos de la secuencia blanco. un primer en cada hebra

*alineamiento

Question 11

temperatura del alineamiento

Answer 11

52 °C

Question 12

ciclo 1*
los primers dirigen a la

Answer 12

ADN polimerasa q sintetiza la hebra complementaria incorporando los nuleotidos libres (A, T, G, C) del medio de reacción

*elongación/extensión

Question 13

temperatura extensión

Answer 13

72°C

Question 14

al final del 1er ciclo se tienen:

Answer 14

2 moleculas de ADN de doble cadena parcial q contienen a secuencia blanco

Question 15

al final del 2do ciclo se obtienen:

Answer 15

4 moleculas de DNA doble cadena parcial q contienen la secuencia blanco

Question 15

solo el ADN que contiene la secuencia blanco es copiado ya que:

Answer 15

la polimerasa solo puede copiar moleculas q tienen el cebador unido

Question 16

al final del 3er ciclo se han sintentizado

Answer 16

8 moleculas de DNA doble cadena q contienen la secuencia blanco

Question 17

al final del 4to ciclo se han sintentizado

Answer 17

16 moleculas de ADN doble cadena q contienen la secuencia blanco

*8 de producto específico

Question 18

al final del 5to ciclo se obtienen

Answer 18

32 moleculas de DNA doble cadena q contienen la secuencia blanco

*22 producto específico

Question 19

cuántos productos especificos hay en 10 ciclos?

Answer 19

1004

Question 20

cuantos productos especificos hay en 20 ciclos?

Answer 20

1,048,536

Question 21

despues de 30 ciclos hay más de

Answer 21

1x10^9 moleculas del producto especifico y solamente 60 moleculas parcialmente doble cadena más largas

*1,073,741,744 productos especificos

Question 22

maquina del PCR tiene la capacidad de mantener cambios de temperatura cíclicos de forma precisa

Answer 22

termociclador

Question 23

fases PCR

Answer 23

-exponential -linear -plateau

Question 24

fase del PCR q detecta PCR en tiempo real

Answer 24

exponencial

Question 25

fase del PCR q detecta el PCR convencional

Answer 25

Plateau

Question 26

ocr punto final o convencional* un mayor numero de copias del DNA molde dan una banda más intensa del amplificado v o f

Answer 26

verdadero *hasta cierto punto, ya q cantidades excesivas de DNA molde inhiben la reacción

Question 27

pcr punto final o convencional* a mayor numero de ciclos, mayor...

Answer 27

cantidad del producto de PCR (amplificado) *hasta cierto punto, ya q llega el momento en q los componentes de la reacción se agotan y la amplificación se detiene (fase plateau)

Question 28

el tamaño del amplificado (producto de PCR) especifico q se espera en la reacción NO se conoce exactamente v o f

Answer 28

falso si se conoce examctamente, ya q se conoce la secuencia exacta y número de pb q los primers/cebadores están flanqueando

Question 29

variantes de la PCR

Answer 29

-con adaptadores -inversa -mutagénesis dirigida -RT-PCR -tiempo real (PCR cuantitativa-q PCR) -RT-qPCR -Multiplex

Question 30

amplificar una región de ADN de secuencia desconocida

Answer 30

PCR con adaptadores

Question 31

se unen adaptadores a los fragmentos de restricción de extremos cohesivos se añaden primers especificos para las secuencias de los adaptadores

Answer 31

PCR con adaptadores

Question 32

este término se refiere a una amplia variedad de tecnicas in vitro q modifican la secuencia silvestre

Answer 32

mutagénesis dirigida

Question 33

permite amplificar secuencias desconocidas con la condición de q se encuentran al lado de una secuencia conocida de ADN

Answer 33

PCR inversa

Question 34

ej, cuando no hay sitios de restricción localizados en el lugar deseado, se puede emplear un enfoque de PCR

Answer 34

mutagenesis dirigida

Question 35

se pueden cambiar de una a tres bases en un segmento de DNA determinado sintetizando primers de PCR q lleven estos cambios

Answer 35

mutagénesis dirigida

Question 36

se emplean dos enzimas polimerasas

Answer 36

RT-PCR *DNA polimerasa RNA dependiente y DNA polimerasa DNA dependiente

Question 37

RT-PCR* realiza la sintesis de cDNA a partir de mRNA

Answer 37

DNA polimerasa RNA dependiente (retrotranscriptasa)

Question 38

RT-PCR* los clones de cDNA contienen secuencias codificantes q son:

Answer 38

discontinuos (mayoría de genes eucariotas)

Question 39

tambien conocida como PCR cuantitativa (qPCR)

Answer 39

PCR tiempo real

Question 40

amplifica y simultáneamente cuantifica de forma absoluta el producto específico de la amplificación

Answer 40

PCR tiempo real

Question 41

a la mezcla de reacción se adiciona un fluoróforo q emite fluorescencia en función de la abundancia del producto de amplificación

Answer 41

PCR tiempo real *la medición de la fluorescencia se realiza luego de cada ciclo de amplificación y es por esto q se le denomina PCR en tiempo real

Question 42

numero de ciclos requeridos para q la fluorescencia específica sobrepase la fluorescencia de fondo inespecífica

Answer 42

Ct (cycle threshold) *inversamente proporcional a la cantidad de DNA blanco

Question 43

PCR tiempo real* tipos de fluorescencia

Answer 43

-SYBR Green -Sondas TaqMan

Question 44

SYBR green* no es un agente intercalante sino q se asocia a la molecula de ADN interactuando con la

Answer 44

hendidura menor

Question 45

el complejo resultante de ADN-SYBR Green presenta el pico de absorción en:

Answer 45

498nm y el de emisión en 522nm (zona verde del espectro, de ahí su nombre)

Question 46

su principio se basa en la actividad 5´-3´exonucleasa de la polimerasa se aumenta significativamente la especifidad de detección

Answer 46

sondas Taq Man *la fluorescencia resultante de la acumulación del produce se mide durante la fase exponencial de la PCR

Question 47

RT-qPCR

Answer 47

La primera reacción de retrotranscripción se lleva a cabo de la misma manera por DNA polimerasa RNA dependiente obteniendose una cDNA a partir de mRNA despues el cDNA se amplifica por PCR cuantitativa

Question 48

RT-qPCR* los niveles de expresión de un gen en particular se normalizan con respecto al nivel de expresión de un gen....

Answer 48

constitutivo para poder hacer la comparación entre las muestras, tratamientos y/o condiciones de la célula

Question 49

se amplifica más de una secuencia en una misma reacción

Answer 49

PCR multiplex

Question 50

emplea dos o más pares de primers en un único tubo de reacción con el fin de amplificar simultáneamente múltiples segmentos de DNA

Answer 50

PCR multiplex

Question 51

utilizada para diagnóstico de enfermedades causadas por dif agentes y variantes de un mismo virus

Answer 51

PCR multiplex

Question 52

usa un primer "sense" común y un primer "antisense" específicos

Answer 52

PCR multiplex