Cours 12 Flashcards

Question

V ou F: il y a une charge négative sur l’oxygène du phosphate à pH physiologique

Answer 1

hydrogènes (paires de base Watson-Crick)

Answer 2

2 liens H entre A-T 3 liens H entre G-C

Answer 3

Pyrimidine et purine

Answer 4

Cytosine, Uracile, Thymine

Answer 5

Les tautomères sont des isomères de constitution (isomérie plane par opposition à la stéréoisomérie) interconvertibles par une réaction chimique réversible appelée réaction de tautomérisation. Les tautomères diffèrent la plupart du temps par le mouvement concerté d'un atome d’hydrogène (H) et d’une double liaison. Les bases d'acides nucléiques sont des hétérocycles “ornés" de groupement hydroxyle (-OH) et amino (-NH2). Donc, il y a beaucoup de possibilités pour l’établissement d’équilibres tautomériques. Voir slide 16

Answer 6

amino ou imino Slide 16

Answer 7

La thymine est similaire à l’uracile , sauf qu'il a un groupe méthyle à la position 5. Donc, nous pouvons l'appeler « 5-méthyluracile »; cela peut-être pratique pour retenir facilement la structure de la thymine à partir de la structure de l’uracile L'uracile est retrouvé dans l'ARN alors que la thymine est dans l'ADN

Answer 8

La déamination de la cytosine donne une base uracile. Comme c’est événement est relativement fréquent, l’usage de la thymine dans l’ADN permet de différencier les thymines véritables (celles avec un méthyle en position 5) des uraciles produits par la déamination de la cytosine (sans méthyle en position 5) et donc la mise en place de mécanismes de réparation permettant d’exciser les bases uracile introduites par erreur. Comme nous le verrons dans le cours sur la traduction en décrivant le phénomène d’appariement bancal (« wobble ») dans les ARNt, les base uraciles peuvent former des liaisons hydrogène relativement stable avec plusieurs autres bases que l’adénine (le partenaire canonique de la thymine). Encore une fois, il semblerait que le méthyle en position 5 du cycle pyrimidine de la thymine joue un rôle en restreignant à l’adénine la formation de liaisons hydrogène stable

Answer 9

Adénine et guanine

Answer 10

Les purines sont composées de deux hétérocycles orthocondensés (deux cycles avec deux atomes adjacents en commun). L’anneau aromatique à six liens sur la gauche de cette représentation des purines est identique à la pyrimidine . L' anneau à cinq liens sur la droite de cette représentation est identique à l’imidazole. La purine a donc quatre atomes d'azote et cinq atomes de carbone dans son système hétérocyclique. Notez que comme dans le cas des pyrimidines, il n'y a pas de liens Azote-Azote (N-N): les atomes d'azote sont toujours séparés par au moins un atome de carbone. Les purines sont des molécules importantes en biochimie. Elles sont des composants des acides nucléiques. Elles sont également présentes dans de nombreuses autres molécules biologiques importante pour fournir de l’énergie ou pour le métabolisme par exemple.

Answer 11

''Cytosine'' quand libre et ''cytine'' quand lier au sucre et vice versa pour purine

Answer 12

Toutes les pyrimidines ont un atome d'oxygène en position 2 de l'anneau, et cet atome provoque un choc stérique avec l’atome d’oxygène du ribose (ou désoxyribose), comme indiqué ci-dessus. Par conséquent, les nucléosides – les nucléosides pyrimidiques particulier - ont tendance à « se fixer » dans la conformation anti. Les purines favorisent également la conformation anti-, mais elles peuvent également adopter la conformation syn.

Answer 13

C2’ et C3’-endo Même plan que le CH2OH

Answer 14

Charge vers négative des O du phosphate car fait face à l’eau polaire Le symbole [...] indique que la chaine se poursuit en amont (vers le 5’). Le dernier Nucléotide en 5’ est triphosphate, à moins que l’ADN soit circulaire. Chez les génomes linéaires l’extrémité 5’ réactive (3xPO4-) est protégé par les télomères. Nous discuterons de ce sujet dans le cours sur la réplication de l’ADN. La conformation anti des bases est la plus usuelle

Answer 15

Adénine - Adénosine Guanine - Guanosine Cytosine - Cytidine Thymine - Thymidine Uracil - Uridine A= adénosine dA = désoxyadénosine mais dT= désoxythymidine (car présent dans l’ADN seulement)

Answer 16

le sens 5’-3’ de gauche à droite

Answer 17

Méthylation sur la position 6 de l’adénosine Ces modifications surviennent après la réplication de l’ADN (post-réplication) ou après la transcription (post-transcription) sur les ARN, en particulier les ARN de transfert (ARNt) et les ARN ribosomaux (ARNr) La plus courante est la méthylation de l’ADN (catalyser par des enzymes dénommées méthylases). 5-métylcytidine est une des plus fréquentes dans l’ADN. De façon générale, la cytosine est la base modifiée la plus couramment dans l’ADN. Elles jouent un rôle physiologique dans la régulation de l’expression génique (transcription), la synchronisation de la réplication du chromosome et la résistance aux phages chez les bactéries. De nombreuses modifications surviennent aussi sur les ARN, en particulier les ARNt comme dans les deux exemples représentés sur cette diapositive. En effet , plus de 80 exemples de bases modifiées ou non-conventionnelles sont répertoriées dans les ARNt

Answer 18

Bases dans le milieu (non polaire) Lien van der wall entre chaque couche de base Très condenser donc pas d’eau qui peut entré Pa = 3,4 nm Entre chque pair de base = 0,34 nm Donc environ 10 paires de base par tour Tourne vers la droite Entre chaque paire de base on a une rotation de 36 degrés Donc une hélice d’ADN réalise un tour sur elle-même en 34 Å à raison de 10 pb/tour Il s’agit d’une double hélice enroulée par la droite . Les deux brins s’enroulent l’un autour de l’autre dans le sens inverse des aiguilles d’une montre. Désoxyribose et Phosphates, très hydrophiles et acides vers l’extérieur (squelette: en rouge, rose et orange dans le schéma de droite). Bases azotée (en vert dans le schéma de droite) vers l’intérieur. Les groupements polaires des bases sont “neutralisées” par la formation de liens hydrogène.

Answer 19

La formation de la double hélice dans l’ADN B crée deux sillons; le sillon mineur et le sillon majeur. Ces sites sont des endroits privilégiés où certaines protéines peuvent venir interagir avec l’ADN

Answer 20

a permis de déterminer que dans l’ADN le nombre d’adénosine correspond toujours au nombre de thymidine (T) et vice-versa, ainsi que le nombre de guanosine correspond toujours au nombre de cytidine et vice versa. Les règles de Chargaff ont été utilisées comme contraintes pour développer le modèle de l’ADN double brin. Elle a permis de proposer le concept d’un pairage via la formation de liaisons hydrogène spécifiques entre les bases.

Answer 21

ADN-A est la forme déshydratée de l’ADN B. L’ADN-A a un rôle physiologique entre autres dans la protection de l’ADN dans les bactéries desséchées. L’ADN-Z survient surtout dans les régions composées de répétition (GC)x ou x=6 et plus L’adoption de la conformation Z par l’ADN pourrait être favorisé par la méthylation de la cytidine. Elle pourrait donc survenir dans les régions méthylées du génome humain (CpG).

Answer 22

Sens: Droite Diamètre (Å): 20 Pb par tour: 10,5 Rotation/pb (°): 34 Allongement de l’axe/pb (Å): 3,2 Pas/tour (Å): 33 Inclinaison des bases vs axe de l’hélice (°): -1,2 Sillon majeur: Large et profond Sillon mineur: Étroit et profond Plissement sucre (conformation): C2’-endo Conformation lien glycosidique: Anti

Answer 23

Structure primaire: séquence nucléotidique de l’ADN/ARN simple brin: 5’-ACGTCAGAG-3’ Structure secondaire: hélice droite de l’ADN B Structure tertiaire (surenroulement de la double hélice: superhélice (ADN)

Answer 24

Procaryote = circulaire Eucaryote = linéaire

Answer 25

la compaction de l’ADN est essentielle Le repliement dans l’espace tridimensionnel de la structure secondaire des biomolécules, incluant l’ADN est appelé structure tertiaire Le moyen le plus simple pour replier l’ADN est le surenroulement illustré ici avec l’ADN mitochondrial humain; il est utilisé aussi dans les bactéries

Answer 26

Surenroulement plectonémique Surenroulement toroïdal

Answer 27

(comme un élastique; ADN procaryote et mitochondrial): c’est l’exemple montré sur cette diapo. Se produit localement à diff régions dans l’ADN

Answer 28

(comme autour d’un solénoïde: l’ADN eucaryote autour des nucléosomes). Il s’agit d’un enroulement autour d’un cylindre. Il correspond à celui que l’on rencontre autour des nucléosomes d’histone. Ce sujet sera abordé dans d’autres cours. Nucléosome forme des cylindre – se fait nucléosome par nucléosome

Answer 29

il est ancré par des protéines telles les histones qui favorisent aussi la formation de structure surenroulée. Des protéines d’ancrage existent également chez les procaryotes.

Answer 30

A cause plus enrouler elle est plus compacte donc passe plus vite dans le gel La bande relaxé n’est pas compact donc migre plus lentement dans le gel même si les 2 on la même masse L’ADN est détecté par l’augmentation de la fluorescence d’un agent chimique intercalent (tel que le bromure d’éthidium) qui s’infiltre dans les bases des acides nucléiques. Le BET est plus efficace pour la détection de l’ADN double brin (ADN) que les acides nucléiques simples brins (ARN). L’ADN migre principalement en fonction de sa taille. Mais sa structure tertiaire a aussi un effet sur la migration. C’est cet effet que nous voyons sur ce gel. En effet, les formes surenroulées de cette molécule d’ADN étant plus compactes, elles migrent plus rapidement que la forme circulaire relaxée.

Answer 31

Les toposisomérase sont des protéines enzymatiques qui catalysent le surenroulement de l’ADN ou inversement comme montré ici le déroulement de l’ADN surenroulé la réplication de l’ADN et l’expression génique.

Answer 32

relaxe un ADN surenroulé en entaillant (Nick) un brin d’ADN pour faire passer le brin complémentaire à travers l’entaille avant de lier à nouveau le brin initialement clivé.

Answer 33

peut surenrouler ou relaxer l’ADN en créant une brisure double brin et en y faisant passer le brin complémentaire

Answer 34

Les ARN ne forment pas systématiquement des structures bicaténaires (doubles brins), au contraire de l’ADN Les ARN messager (ARNm) sont considérés de manière générale comme ayant assez peu de structure secondaire et tertiaire; on les retrouve donc principalement sous la forme monocaténaire (un brin). C’est tout à fait le contraire des ARN de transfert (ARNt) (tel que démontré ici avec le leu-ARNt) et les ARN ribosomique (ARNr) qui peuvent former des structures secondaires et tertiaires dans l’espace en se repliant sur eux-mêmes pour former des tiges et des boucles.

Answer 35

Réplication: ADN-ADN (A, T, C et G) Transcription: ADN-ARN (A, U, C et G) Traduction: ARN-Protéine (acides aminés)

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