Rétro T2 Flashcards
(36 cards)
Le Coronavirus disease 2019 est causé par quoi?
par le SARS-CoV2
SARS-CoV2, syndrome aigu respiratoire sévère causé par le coronavirus 2
Qu’est-ce qui différencie un être vivant et un virus?
Tous les etre vivant ont un génome ADN mais virus ARN donc pas un système de traduction au complete donc qui n’ont pas de ribososme
Pourquoi est-ce que c’est difficile de diagnostiquer le Covid-19?
car c’est un virus à ARN
Quelles sont les propriétés du SARS-CoV2?
- Un génome ARN simple brin positif: Traduit directement
- Un brin matrice négatif est éventuellement utilisé Pour répliquer le génome
- Le gène de la nucléo-Capside est utilisé pour Le diagnostic
- La protéine spicule (spike) joue un rôle clé dans l’entrée: cible de choix des vaccins
Spicule (spike) – protéine qui reconnait le récepteur du virus sur la cellule hôte
Comment fait-on le Prélèvement de l’échantillon pour diagnostiquer le SARS-CoV2?
Frottis naso-pharyngé
Salive
Quelle processus utilise-t-on pour diagnostiquer le SARS-CoV2?
Transcriptase inverse
ARN->ADNc
A cause que ARN on peut pas juste faire transcription avec PCR
On prend ARN et transforme en ADN
C’est quoi la transcriptase inverse?
Origine: rétrovirus comme le VIH
Permet la conversion du génome d’ARN des rétrovirus en ADN, une étape préalable à son insertion dans le génome de la cellule hôte
Comme l’ADN polymérase, la transcriptase inverse nécessite une amorce complémentaire à la matrice.
ADN -> ARN -> protéine mais maintenat un génome ARN qui transforme en ADN pour s’inserer dans génome humain
Comment fonctionne la conversion de l’ARN en ADNc?
- La transcriptase inverse a besoin d’une amorce pour convertir l’ARN en ADN
- Purification de l’ARN (destruction de l’ADN avec une nucléase)
- Trois types d’amorces:
1. Oligo dT -> complémentaire à la queue polyA des ARNm eucaryotes
2. Oligo dN -> complémentaire au hasard, utile pour les ARNm procaryotes ou sans queue polyA
3. Spécifique pour la cible (au gène); cette approche est utilisée pour le SARS-CoV2 (RT-qPCR) -> comme dans une PCR conventionnelle
**Défi: mélange d’ARN (humain et viral)
Que veut dire RT-qPCR?
RT: regarde la partie de la transcriptase inverse. On détecte ARN qui à été convertie en ADN
Plus ARN abondant plus, ya ADN complémentaire
q = PCR quantitative en observant l’accumulation du produit en temps réelle (accumulation de l’ADN)
Plus de flouorescence d’accumuler, plus ya de l’ADN d’accumulé
C’est quoi la RT-qPCR?
Amorces spécifiques contre le coronavirus:
Le centre pour le contrôle des infections recommande des amorces reconnaissant le gène de la nucléocapside pour détecter le SARS-CoV2 et le gène de la RNAseP comme gène humain (contrôle positif. Il indique que l’échantillon a été prélevé correctement
Slide 18
Le seuil est une valeur arbitraire de signal qui permet de distinguer avec un grand degré de certitude le signal du bruit de fond.
SI prélèvement mal fait c’est négatif
Si bien fait il va y avoir présence du gène du patient
Contrôle positif = gène du patient
Si contrôle négatif = pas de gène du patient donc on pourra pas détecter le gène du virus
Quelle est une autre façon de diagnostiquer la SARS-CoV2?
L’autotest
Test antigénique: anticorps reconnaissant la nucléocapside du virus
Comment fonctionne l’autotest?
Deux types d’anticorps dans la phase mobile (anticorp attaché à l’or coloidale) et dans la phase immobile (anticorp pas spécifique au virus)
- tampon (pad) de l’anticorps conjugué
- anticorps conjugué avec de l’or colloïdal qui reconnaissent les protéines virales de la nucléocapside (test) et les immunoglobulines (contrôle négatif).
Test line (antibodies): anticorps sur la ligne test reconnaissant les protéines virales (nucléocapsides)
Contrôle line (antibodies alphaIgG Antibodies): anticorps sur la ligne contrôle reconnaissant les anticorps couplés à l’or colloïdal
Pourquoi le test PCR est plus sensible?
Pourquoi est-ce que l’autotest est moins sensible?
Moins sensible car pas d’amplification du signal et donc il doit y avoir beaucoup de virus pour que le signal soit apparent
La protéine est indétectable dans l’échantillon à cause trop petite concentration
Qui a gagné le prix Nobel en 2023 pour la découverte des modifications des bases nucléosidiques qui ont permis la création des vaccins à ARNm?
Katalin Karikó et Drew Weissman
Trouvé que Met fragement d’ARN qui code pour la spicule du virus dans l’hôte qui transforme en protéine et puisqu’elle sont étrangère ça déclenche une réponse immunitaire inflammatoire
Remplace base nuc en base non naturelle car c’est mieux
Quelle est la cible vaccinale pour la Covid?
- Une bonne cible vaccinale doit être accessible dans les particules virales matures qui constituent l’agent infectieux
- Est-ce que ce serait possible de développer des vaccins à ARN multivalents, i.e. encodant plusieurs antigènes?
- la vaccination contre d’autres maladies infectieuses ou non est envisageable.
Qui a gagné un Prix Nobel de médecine 2022 pour le séquençage complet du génome de Néanderthal?
Svante Pääbo
Un tour de force qui a pris son envol sept ans (seulement) après le premier génome humain.
Redéfinition de la notion d’espèces chez le genre humain.
C’est quoi le Séquençage du génome de l’homme de Néandertal?
- Svante Pääbo a séquencé le génome de l’homme de Néandertal (Homo neanderthalensis)
- Grand défi : 10 000 à 1 000 000 de réduction de la quantité d’ADN dans les échantillons de fossiles et de plusieurs contaminants
Défi relevé! - Nouvelles méthodes pour séquencer l’ADN ancien
- Méthodes de séquençage de nouvelle génération qui ont remplacé la méthode Sanger pour les projets génomes
Quels sont les impacts médicaux de ce prix nobel?
Un variant sensibilisant les individus au SARS-CoV2 a son origine chez les Néandertaliens (slide 26)
La peste a sélectionné des allèles spécifiques pour des gènes impliqués dans l’immunité (slide 27)
Qui a gagné le Prix Nobel de chimie 2020 pour le CRISPR/CAS: les ciseaux moléculaires?
Grosse révolution!
Emanuelle Charpentier et Jennifer Doudna
Pour des travaux réalisés en 2012: reconnaissance rapide et méritée à cause des impacts potentiels.
C’est quoi la CRISPR/CAS9?
- C’est une riboprotéine qui est normalement composé d’une nucléase (CAS9), d’un ARNcr (CRIPSR) variable et d’un ARNtrac (traqueur) invariable, qui une fois associés, dirige par complémentarité avec les bases d’ADN la nucléase vers un site à cliver –> cassure double brin.
- Dans la nature, elle fait partie du système de défense des bactéries contre les bactériophages (virus)
- La découverte révolutionnaire est que l’on peut remplacer l’ARNcr et l’ARNtrac par un seul ARN guide (ARNg) beaucoup plus court qui est designé par le chercheur pour cliver l’ADN à un site au choix (avec certaines contraintes dont nous discuterons
CAS fait une brisure double brin dans le milieu de l’espaceur
Comment fonctionne CRISPR/CAS9?
- L’espaceur de l’ARNg est variable et s’associe (complémentaire) avec la région ciblée sur l’ADN
- Les boucles de l’ARNg sont invariables et permettent la reconnaissance par la protéine Cas9.
- Une séquence PAM 5’ (NGG) doit être présente pour la formation d’un complexe stable
- Il y a deux site catalytique nucléase (RuvC et HNH) qui permettent la cassure double brin 3-4 nt. 5’ de la PAM dans la région où les deux brins sont dissociés.
Comment fonctionne l’interaction de l’ARNg avec l’ADN cible du CRISPR/CAS9?
La séquence PAM est adjacente de la séquence ciblée et forme toujours des interactions Watson-Crick, contrairement à cette dernière dont les deux brins ont été séparé par le complexe Cas9-ARNg
Les deux guanines de la séquence PAM sont reconnues directement par quoi?
deux arginines de CAS9 (slide 32)