DNA schade en reparatie

Question 1

stochatisch proces

Answer 1

toevalsproces

Question 1

puntmutaties

Answer 1

transitie, transversie, deletie, insertie

Question 2

transitie

Answer 2

door een mutatie verandert een base, maar aminozuur blijft hetzelfde > geen gevolgen voor eiwit

Question 3

transversie

Answer 3

overgang van purine > pyrimidine of andersom. Kan gevolgen hebben afh van locatie
- missense of nonsense

Question 4

deletie

Answer 4

kan leiden tot verschuiving van het leesraam > eiwit kan langer of korter worden

Question 5

insertie

Answer 5

leesraamverschuiving kan gebeuren

Question 6

chromosomale afwijkingen

Answer 6

translocatie, amplificatie, deleties, numerieke afwijkingen

Question 7

translocatie

Answer 7

uitwisseling van chromosoom strengen

Question 8

amplificatie

Answer 8

vermeerdering van mutatie

Question 9

deleties

Answer 9

stukken DNA kan verloren gaan > verlies heterozygositeit of verlaagde expressie

Question 10

oorzaken DNA beschadiging

Answer 10

chemische instabiliteit, chemische verbindingen, biologische stoffen, fysische agentia, foutieve replicatie

Question 10

chemische instabiliteit

Answer 10

1. spontane hydrolyse > deletie door overslaan abasische site bij replicatie
2. deaminatie van basen > transitie, replicatie induceert mutatie

Question 10

numerieke afwijkingen

Answer 10

te veel of weinig kopieën.

Question 10

Welke oorzaken beschadiging het meest?

Answer 10

1. spontane hydrolyse
2. deaminatie van basen
3. endogene stoffen

Question 10

soorten DNA beschadigingen

Answer 10

chemische adducten, intra en interstrengs crosslinks, DNA streng breuken, basepaar mismatches

Question 10

Benzo)a)pyreen

Answer 10

sigarettenrook, bij inademing omgezet naar BPDE > wel gevaarlijk

Question 10

Endogene stoffen

Answer 10

door ROS gaat bijvoorbeeld guanine over in 8-oxoguanine

Question 11

Chemische adducten die DNA dubbelhelix niet verstoren

Answer 11

spontane hydrolyse, deaminatie, oxidatieve DNA schade

Question 12

fysische agentia

Answer 12

UV, gamma en rontgenstraling

Question 13

Wat kan UV doen?

Answer 13

een cross-link aanleggen tussen 2 pyrimidines > pyrimidine dimeer of 6-4 fotoproduct

Question 14

Base excise reparatie

Answer 14

1. DNA glycosylase begint en knipt het baschadigde DNA weg, bijv OGG1. Dit katalyseert de hydrolyse van N-glycosyl verbinding tussen deoxyribose en 8-oxoguanine
2. Er ontstaat een abasische plaats
3. DNA glycosylase trekt de foute base naar buiten (base flipping) en wordt weggeknipt.
4. AP endonuclease maakt een breuk aan de 5’ kant van de abasische site > enkelzijdige breuk

Question 15

Waarvoor is BER

Answer 15

zorgt voor het herstel van kleine adducten zoals oxidatieve DNA schade

Question 16

NER

Answer 16

zorgt voor herstel van grote adducten zoals UV-licht geinduceerde DNA schade
- repareert intrastreng crosslinks en DNA dubbele helix verstorende adducten

Question 17

globaal genoom NER

Answer 17

herkent beschadigingen door het hele genoom
- eiwitcomplex scant op beschadigingen > bij laesie bindt een ander complex, RAD23B verdwijnt dan. Dat is een signaal voor TFIIH binding

Question 18

transcript gekoppelde NER

Answer 18

herkent alleen beschadigingen in getranscribeerde streng van het DNA, vooral om celdood te voorkomen - Als RNA polymerase vastloopt signaal, CSB en CSA nodig om te herkennen > transcriptie blok die componenten NER aantrekt TFIIH

Question 19

NER na binding TFIIH

Answer 19

XPD en XPB zorgen met helicase dat DNA wordt ontbonden > XPA controleert of er ook echt een beschadiging is, zo ja knipt XPF aan 5'kant = point of no return, daarna door XPG aan 3'kant > DNA polymerase vult dit gat op > ligase lijmt dit

Question 20

defecten globaal genoom NER

Answer 20

kanker

Question 21

defecten transcriptie gekoppeld NER

Answer 21

vervroegde veroudering

Question 22

xeroderma pigmentosum

Answer 22

defecten in NER systeem (globaal) - zongevoelig, pigmentatie afwijking, cataract, droge huid, huidkanker - autosomaal recessief - door een mutatie in minstens 8 verschillende genen

Question 23

cockayne syndroom

Answer 23

- zongevoelig, groeiachterstand, neurologische achteruitgang, netvliesafwijking, versnelde veroudering en vermaging - CSA en CSB betrokken, kan met XP - wel UV gevoelig maar geen huidkanker - autosomaal recessief - erger dan XP

Question 24

niet-homolohe DNA eindverbinding

Answer 24

direct aan elkaar ligeren van twee uiteinden van een DNA breuk, geen template, onnauwkeurig Vooral in G1 fase

Question 25

K70/80

Answer 25

herkent een breuk in DNA

Question 26

reparatie chemische adducten

Answer 26

NER en BER

Question 27

reparatie intrastreng crosslinks

Answer 27

NER

Question 28

reparatie interstreng crosslinks

Answer 28

HR

Question 29

DNA streng breuken

Answer 29

BER, NHEJ, HR

Question 30

basepair mismatch reparaties

Answer 30

MMR

Question 31

SCID patienten

Answer 31

defect in niet homologe DNA eindverbinding kan resulteren in radiosensitiviteit

Question 32

Homologe recombinatie

Answer 32

uitwisseling van DNA strengen tussen DNA moleculen, nauwkeurig herstel. Bij fase S en G2.

Question 33

genen die coderen voor antilichamen

Answer 33

worden later in elkaar gezet dmv die breuken. Daarom is het niet erg dat het onnauwkeurig is, het vergroot de diversiteit aan immunoglobuline eiwitten

Question 34

homologe recombinatie reparatie

Answer 34

vanaf 5'kant wordt DNA weggegeten > staart vanaf 3'kant > staart gaat op zoek naar identieke zusterchromatide > synthese en ligatie > resolutie verbonden zusterchromatiden

Question 35

RAD51

Answer 35

belangrijk voor dubbelstrengs DNA breuk herstel door homologe recombinatie. Het vormt een filament op de enkelstrengs staart en bevordert basepairing tussen gebroken en intact zusterchromatide.

Question 36

Waardoor wordt het gedrag van RAD51 na ontstaan van DNA schade beïnvloed?

Answer 36

BRCA1 en BRCA2 eiwitten; deze zorgen ervoor dat RAD51 naar de plek van schade gaat > stapeling RAD51

Question 37

fouten HR dubbelstrengs DNA breuk herstel kan leiden tot:

Answer 37

- homologe chromosoom als templatie: verlies heterozygositeit - zusterchromatide als template: nauwkeurig herstel

Question 38

fouten NHEJ dubbelstrengs DNA breuk herstel kunnen leiden tot

Answer 38

- homoloog chromosoom: interne chromosomale deletie > mogelijk verlies heterozygositeit - tussen verschillende chromosomen: translocatie

Question 39

Waarvoor is BRCA2 belangrijk?

Answer 39

genomische instabiliteit