2. de structuur van DNA Flashcards
(13 cards)
welke binding tussen een base en een suiker, specifiek voor dna
- glycosidische binding
- tussen C 1 van het pentose en een stikstof van de base
- voor adenine en guanine N op positie 9
- voor cytosine en guanine het N op positie 1
wat voor binding tussen een fosfaatgroep en de twee suikers
- fosfodiesterbinding
- koppeling tussen P en 3’ OH van het bovenliggende suiker, en het 5’ OH van het onderliggende suiker
hoe ziet het 5’ uiteinde tov het 3’ uiteinde eruit?
5’ -> fosfaatgroep
3’ -> OH groep
hoe wordt de fosfodiesterbinding gevormd
door essentiele tussenkomst van atp
pp splitst af en hydrolyseert verder
komt het dat de dna dubbel helix asymmetrisch is, en wat is hier het gevolg van
- door de geometrie van de basen en hoe ze aan het suiker gekoppeld zijn
- kleine groeve: 150 graden
- grote groeve: 210 graden
hier is dan interactie mogelijk
wat is de secundaire structuur van het dna, en welke vormen kan deze aannemen
- dubbele helix
- B dna -> klassiek, meest voorkomende vorm
- A dna -> veel smallere groeves, ontstaat door bv inwerking van chemische componenten
wat houdt de helix bij elkaar
- H bruggen
- base stacking, omdat er VDW interacties door ontstaan tussen de basen
tertiaire dna structuur
coils en supercoils
welke factoren beïnvloeden de renaturatiesnelheid
- temperatuur
- complexiteit van de hybridiserende dna’s
- ionconcentratie
- dna concentratie
wat vertelt een Cot curve
geeft de renaturatie in de tijd weer
is maat voor renaturatiesnelheid
lage cot waarde = snelle renaturatie
hoge cot waarde = trage renaturatie
wat is Tm
- de smeltemperatuur
- de temperatuur waarbij 50% van het dna gedenatureerd is
verschil tussen coils en supercoils
coil: lokale extra omwentelingen in het dna
supercoils:: het dna dat in zijn geheel extra windingen maakt
waarom begint de dna denaturatie voor een e coli genoom later dan bij een humaan genoom
- e coli heeft geen repetitief dna dus het duurt langer tegen het complement gevonden wordt
