7. RNA maturatie Flashcards
(30 cards)
waarom is er nood aan rna maturatie
- het rna moet beschermd worden voor afbraak tijdens transport uit kern
- het rna moet voorbereid worden op of afgewerkt worden voor translatie
drie algemene stappen in rna maturatie + locatie
- 5’ capping
- 3’ poly-A
- splicing
- in de kern, voor transport
welke eiwitten hebben een rol het pre-mrna in de kern te stabiliseren
hn-RNPs
eigenschappen van rna bindende eiwitten en hun functie
hebben motieven voor rna binding
-> RGG box: komt 2 keer of meer voor per 30 az’en
-> RNP motief
zo’n 80 az’en lang
hebben motieven voor effector eiwitten te binden
functies:
- binden het ss rna
- binden rna voor een functie uit te voeren binnen rna maturatie
5’ cap algemeen
- 7 methylguanosine
- wordt al vroeg in de transcriptie aangelegd
- enkel bij eukaryoten
- door capping enzyme dat enkel met rna pol II associeert !!!!!
5’ cap vorming
- defosforylering aan 5’ einde van rna -> difosfaat
- GTP hydrolyseert
- GMP hecht aan rna via 5’-5’ link -> terug drie fosfaten
- aanhechting methyl op positie 7 van guanine
- 2’ OH groepen van de eerste twee rna nucleotiden worden ook gemethyleerd
functies 5’ cap
- rna beschermen voor 5’ exonuclease activiteit
- transport
- initiatie van translatie
functies poly-A tract
- transcriptie terminatie
- translatie initiatie
- transport
- stabiliteit van mRNA
poly A signaal
= signaal dat bepaalt waar de poly A synthese zal beginnen
opbouw:
AAUAAA- 10-35 nt - knipplaats - 50 tal nt - G/U strook
mechanisme 3’ poly-adenylatie
- CPSF bindt AAUAAA
- CStF bindt G/U tract
- het pre mrna vormt een lus en rekruteert eiwitten
- CF1 en CF2 en vervolgens PAP binden
- PAP hydrolyseert een fosfodiesterbinding 10-35 nt downstream van AAUAAA
- vanaf dit 3’ OH start aanhechting van adenylaat
- eerste 12 gaan traag
- PABP komt tussen en versnelt het tot 200-250 adenylaten
hoe zorgt 3’ polyadenlylatie voor transcriptie terminatie + naam
- na de knip door PAP zit het stukje downstream van de k inplaats nog in het rna pol II
- hier is nu een 5’ uiteinde
- 5’ exonucleasen beginnen dit te degraderen en jagen het rna pol II achterna totdat het complex dissocieert
= torpedo model
waarom is het noodzakelijk dat splicing zo precies gebeurt en hoe wordt dit verzekerd
- leesraamverschuiving voorkomen
- door consensussequenties aan de uiteinden van de intronen
- GU = donor
- AG = acceptor
- net voor AG is er een Py rijke strook
- op 20-50 nt’en van AG is er een A, dit is het branch point
soort reactie in splicing
2x transesterificatie
wat is een lariat
een intron in een lusstructuur
spliceosoom
- omvat 5 snRNPs
- U1, U2, U4/U6, U5
- elke bestaat uit 1 snRNA en een aantal eiwitten
- assemblage thv Cajal bodies
mechanisme splicing
- splice donor en acceptor moeten bij elkaar in de buurt komen
- snRNA in U1 basenpaart met slice donor
- snRNA in U2 basenpaart met branching point
- het mrna buigt en U4/U6 en U5 stabiliseren het complex verder
- de twee transesterificaties worden uitgevoerd
- splicing compleet
hoe interageert snRNA met de eiwitten
via een Sm motief
kenmerken van snRNA
- uracil rijk
- aanmaak door rna pol II of III
wat gebeurt er met de lariat structuur na splicing
- wordt in de kern afgebroken door exosomen
- dit zijn complexen van exonucleasen en rna helicasen die zorgen voor een 3’ -> 5’ hydrolyse
waarom zijn exonen relatief constant in hun lengte, ongeacht de grootte van het gen
- de eiwitten betrokken bij splicing herkennen zo de exonen en zorgen voor juiste splicing
- exon definiering
hoe gebeurt exon definiëring en wat is het belang hiervan
1)
- SR eiwitten binden op de exonen
- bijkomende eiwitten binden thv de pyrimidine rijke regio tussen U2 en splice acceptor
- geheel tussen U2 en U1
= cross exon recognition complex
2)
hnRNPs maskeren intronische sequenties en cryptische splice sites
=> juiste splicing
na splicing, wat gebeurt er eerst nog voor mRNA transporteert door de kern
- aanleg van exon juniton complexes thv de overgangen van de exonen
functie: - rol in translatie
silent mutaties geven geen aanleiding tot een ander AZ maar…
- kunnen effect hebben op splicing afhankelijk van de locatie
intronisch:
-> cryptische splice site activatie
-> intronische sequentie in matuur transcript
thv splice donor of acceptor:
-> exon skipping
thv exon
-> SR ew kunnen niet binden
-> exon w niet gemarkeerd en herkend
-> exon skipping
hoe kan je nagaan of een mutatie effect heeft op splicing
- via transcriptoomanalyse
- je zet mRNA om tot cDNA met RT
- amplificatie met PCR
- sequencing
