4. DNA replicatie

Question 1

hoe werd bepaald welk model voor dna replicatie gebruikt werd

Answer 1

• meselson en stahl
• experiment met N15 isotoop en densiteitscentrifugatie

Question 2

hoe gingen meselson en stahl de densiteit van het dna bepalen?

Answer 2

met een CsCl densiteitscentrifugatie

Question 3

dna replicatie is bidirectioneel; verklaar

Answer 3

• start altijd vanuit en ori
• de replicatiebubbel vormt daar en breidt langs beide kanten uit

Question 4

elementen van een replicon

Answer 4

• replicatiebubbel
• ori in het midden
• twee replicatievorken

Question 5

kenmerken van een ori

Answer 5

• geconserveerde sequenties
• bevatten herhaalde sequenties
• at rijk
• worden geflankeerd door at rijke gebieden
• repetitieve segmenten zijn herkenningsplaatsen voor eiwitten

Question 6

verschil ori prokaryoot en eukaryoot + voorbeeld

Answer 6

• prokaryoot: 1 ori
• eukaryoot: meerdere ori’s
• e coli: ori van 240 bp met herhaalde 9 en 13 meren
• s cerevisiae: 400 ARS met geconserveerde sequentie elementen, verspreid over 17 chromosomen
• mensen: 5000-50000 ori’s

Question 7

wat is de precieze functie van dna polymerase

Answer 7

• vorming van de fosfodiesterbinding

Question 8

wat moet er eerst gebeuren voor dna polymerase kan werken

Answer 8

• priming
• dna pol kan niet de novo dna synthese beginnen

Question 9

synoniem matrijs streng

Answer 9

template

Question 10

van welk type zijn de primers tijdens replicatie

Answer 10

RNA primers

Question 11

exonuclease activiteit vn dna pol 1 en 3

Answer 11

dna pol 1: 5’ -> 3’ exonuclease activiteit om rna primers te verwijderen
dna pol 3: 3’ -> 5’ exonuclease activiteit om foute basen te verwijderen

Question 12

hoeveel fouten maakt het dna polymerase

Answer 12

1 per 10 miljoen
zonder proofreading 1 per tienduizend

Question 13

hoe lang duurt een replicatie bij e coli vs mensen

Answer 13

mensen:
-> 5000-50000 ori’s
-> 3 milj nt’en in 8 uur
-> 100 nt per seconde
e coli:
-> 1 ori
-> 4,6 miljoen t’en in 40 min
-> 1000 t’en per seconde
e coli is dus veel sneller

Question 14

wat zijn topo isomeren en hoe kan je deze van elkaar onderscheiden

Answer 14

• dna moleculen die enkel verschillen in heun superhelicale windingen
• via gelelektroforese; supercoiled dna zal sneller migreren dan gerelaxeerd dna

Question 15

hoe supercoiling tegengaan

Answer 15

topo isomerase 1: enkelstrengige breuk
topo isomerase 2: dubbelstrengige breuk

Question 16

wat is decatenatie

Answer 16

• twee dna moleculen, vnl circulaire, die na replicatie in elkaar verstrengeld zitten losmaken via dna gyrase

Question 17

dna gyrase + toepassing

Answer 17

• bacterieel equivalent van topo isomerase 2
• quinolones werken hierop in en remmen zo selectief bacterieel replicatie

Question 18

in welke toepassing bij mensen zou er op topo isomerase activiteit kunnen ingewerkt worden

Answer 18

chemotherapeutica

Question 19

specifieke kenmerken eukaryote replicatie

Answer 19

• afzonderlijke polymerasen voor lagging en leading strand
• replicatie op specifieke plaatsen in de nucleus
• gekoppeld aan de s fase -> niet aanwezig bij prokaryoten
• lineaire chromosomen hebben telomeren

Question 20

telomeer-sequentie in mensen

Answer 20

TTAGGG
deze wordt telkens herhaald thv het einde van lineaire chromosomen

Question 21

wat is het gevolg van het feit dat niet alle celtypes telomerase bevatten

Answer 21

• dat hun telomeren wel verkorten en ze dus een eindig aantal delingen kunnen doorvoeren

Question 22

verdeling van telomerase doorheen celtypes

Answer 22

wel telomerase:
-> spermatogonia
-> stamcellen
-> kunnen oneindig delen
geen telomerase:
-> post-mitotische cellen zoals neuronen die na differentiatie niet meer kunnen delen
-> cellen in rustfase: kunnen eindig aantal keren delen

Question 23

belangrijke kenmerken Sanger sequenering

Answer 23

• sequencing door chain terminatie
• ddNTPs in een lagere concentratie dan dNTPs
• de sequentie die je afleest is de nieuw gesynthetiseerde streng, dus niet de template
• het 5’ einde van de gesynthetiseerde streng begint het verst in de gel

Question 24

belangrijkste verschil tussen Sanger en NGS

Answer 24

• sequencing door chain termination scheiding
• sequencing by synthesis

Question 25

voorbeeld van NGS

Answer 25

- pyrosequencing - je voegt in een vaste volgorde 1 per 1 een dNTP toe - wanner deze wordt ingebouwd splitst PP af - sulfurylase zet dit om naar ATP - luciferase gebruikt deze atp als cofactor om vanuit het luciferine-substraat licht te maken - dit licht wordt door een camera opgepikt en uitgezet in een pyrogram - overal waar je een piekje ziet werd dus een dNTP ingebouwd - de dNTPs die niet werden ingebouwd worden door apyrase afgebroken

Question 26

belangrijk wanneer je een sequentie van een gel afleest na sanger

Answer 26

- je begint het verst in de gel want dit is het 5' einde - de sequentie is de nieuw gesynthetiseerde streng - als de template gevraagd wordt, moet je dus nog het complement nemen!