Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

Cel IV: mobi en genetica > 7. Transcriptie - eukaryoot > Flashcards

7. Transcriptie - eukaryoot Flashcards

(39 cards)

Start Studying
1
Q

Wat maakt dat eukaryote transcriptie veel complexer is en welke gevolgen heeft dit

A
  • cellen zitten georganiseerd in weefsels
  • nood aan weefselspecifieke expressie van genen
  • nood aan intercellulaire communicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

hoeveel RNA polymerasen bij eukaryoten en waar zitten deze

A

3
rna pol I -> nucleolus
rna pol II -> kern
rna pol III -> kern

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

welke rna polymerasen zijn nodig voor mRNA, ribosomen, tRNA

A

ribosomen; alledrie
mRNA: rna pol II
tRNA: rna pol III

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

inhibitor rna pol II

A

alfa amanitine = mycotoxine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

eukaryote cis elementen

A

algemene cis elementen
-> komen in vrijwel elke promotor voor
-> TATA box
-> initiator sequentie
-> nog upstream en downstream elementen
-> herkent het rna pol II pre initiatiecomplex
specifieke cis elementen
-> uniek voor een promotor
-> binden specifieke transcriptiefactoren
-> celtype specifiek
-> promotor proximale elementen
-> enhancers, silencers

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

wat zijn promotor proximale elementen

A
  • dna sequenties die onderdeel uitmaken van de specifieke cis elementen
  • vormen bindingsplaats voor specifieke transcriptiefactoren
    -> zijn daarom celtype specifiek
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

promotor van een housekeeping gen

A

geen tata box en initiatorsequentie
CpG eilanden
-> aangezien die genen bijna continu actief zijn is methylatie daar minder aan de orde

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

eukaryote trans factoren

A

algemene transcriptiefactoren:
-> vormen pre initiatie complex
-> starten elongatie
specifieke transcriptiefactoren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

rna pol II pre initiatiecomplex

A
  • binding thv core promotor
  • TBP -> dna buiging
  • TFIIB
  • TFIIF met rna pol II
  • TFIIE
  • TFIIH
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

wat moet er nog gebeuren voor transcriptie kan beginnen

A
  • fosforylering van het C terminaal domein van rna pol II
  • bestaat uit heptapeptide repeats
  • ser op 5 fosforyleert door TFIIH
  • na een 20-50 nt’en fosforyleert CDK9 ser op 2
    -> promotor escape en transcriptie kan echt van start gaan
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

specifieke transcriptiefactoren

A
  • repressoren, maar vnl activatoren
  • 2 belangrijke domeinen; een dna bindend en activatie/repressie domein
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

waarom zijn bij eukaryoten vnl de activatoren belangrijk en wat impliceert dit

A
  • geschikt voor combinatoriële controle; binnen de domeinen zelf of binnen de dimeren die ze meestal vormen
  • grote herkenningsspecificiteit
  • gedoseerde activatie; de mate van transcriptie hangt af van aantal activatoren die samenwerken of de mate waarin deze met elkaar of het dna interageren
  • integratie van signalen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

families van transcriptiefactoren obv dna bindende domeinen

A
  • HTH/homeobox familie
    3 helices waarvan 1 in de grote groeve bindt
  • zinc vinger familie: 4 C of 2C2H coordineren een zinc ion
  • leucine zipper
    het dna binden domein heeft om de 7 AZ’en een Leucine -> nodig voor dimere structuur
    Pos geladen az’en zullen met dna interageren
  • helix loop helix familie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

voorbeeld van een transcriptiefactor die tot de HLH familie behoort

A
  • transcriptiefactoren die de enhancers van immunoglobulinegenen binden
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

herkenningssequenties van dna

A
  • leveren de nodige chemisch ‘informatie’ voor interactie met eiwitten
  • is vrij specifiek voor een bepaalde transcriptiefactor
  • hoe dichter bij de consensus sequentie hoe hoger de affiniteit voor de trasncriptiefactor
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

herkenningssequenties zitten in elke cel, wat impliceert dit

Study These Flashcards
A
  • genexpressie is celtype afhankelijk
  • deze herkenningssequenties w dus niet in elke cel gebruikt
17
Q

coöperativiteit van transcriptiefactoren + voorbeelden

Study These Flashcards
A
  • voor gedoseerde activatie
  • hoe meer factoren samenwerken hoe meer transcriptie
  • vaak zullen deze factoren ook moeten samenwerken om het dna beter te binden
    1. b interferon enhancer -> vormt enhanceosomen
    2. Il-2 promotor: pas als AP1 en NFAT samen binden is er transcriptie mogelijk
18
Q

mediator complex

Study These Flashcards
A
  • groot eiwit met veel subunits
  • integreert via een conformationele verandering de info van alle trasncriptiefactoren en geeft die door aan het rna pol II
  • deze conformationele verandering wordt bepaald door de aanwezige transcriptiefactoren
19
Q

belangrijke eigenschap van dna looping

Study These Flashcards
A
  • maakt het mogelijk dan veraf gelegen enhancers effect kunnen hebben op transcriptie
20
Q

wat bepaalt de combinaties, nodig voor combinatoriele controle

Study These Flashcards
A
  • het weefseltype
  • intercellulaire communicatie/signalen
21
Q

wat maakt dat eukaryote transcriptie traag is en welk eiwit speelt hierin een rol

Study These Flashcards
A
  • chromatine structuur
  • FACT
    => dissocieert en herassembleert nucleosomen
22
Q

wat is het effect van dna condensatie op transcriptie
+ experiment

Study These Flashcards
A
  • hoe compacter hoe minder transcriptie
  • dit is weefselspecifiek
    leg experiment uit:
    -> gebruikt van dnaseI, BamHI, gelektroforse, southern blot, visualisatie met probes
23
Q

histon opbouw

Study These Flashcards
A

globulair domein: voor dna wrapping
tail: N-terminale AZ staart nodig voor regulatie en dna compactatie

24
Q

histon code

Study These Flashcards
A
  • combinatie van AZ’en met PTMs thv de histon staart
  • deze vormt een soort code die de condensatiegraad van het dna bepaalt en dus de activiteit van een gen
  • aangebracht door writer
  • gelezen door readers; eiwitten die de PTMs kunnen herkennen
  • verwijdert door erasers
25
PTMs op histonstaarten
P: Ac: op lysines Me: op lysines en arginines
26
wat bepaalt de condensatiegraad van dna en daarmee transcriptie
- histon code - dna methylatie - combinatoriele controle heeft eerder betrekking op het transcriptieproces zelf dan de condensatiegraad van het dna
27
methylatie van histon lysines
- histon H3K9 methyltransferase brengt drie methylgroepen aan - chromodomein van HP1 herkent dit - HP1 heeft ook nog een chromoshadow domein dat zorgt voor zelfherkenning en binding van H3K9 methylase - zo kan de methylering en condensatie makkelijk uitbreiden
28
tot waar gaat het dna condenseren
- tot een boundary element tegengekomen wordt - deze bindt eiwitten die verdere condensatie door HP1 verhinderen
29
readers voor acetyl- en methylgroepen
Ac-K: bromodomein Me3-K: chromodomein
30
hoe leidt histonacetylaties tot decondensatie van het dna
1. de dna - Histon interactie verzwakt de solenoide structuur opent tot een parelsnoer waarbij cis elementen vrijkomen hier kunnen specifieke transcriptiefactoren op binden 2. rekrutering van het nucleosome remodeling complex de nucleosomen verschuiven over het dna en maken weer cis elementen vrij -> bv een tata box waarna het pre initiatiecomplex kan gevormd worden
31
waar gebeurt dna methylatie en welk effect heeft dit
CpG dinucleotiden in promotors weefselspecifiek
32
hoe kan je achterhalen welke cytosines gemethyleerd zijn
- adhv bisulfiet - dit zet cytosine om naar uracil - als cytosine gemethyleerd is kan deze omzetting niet gebeuren
33
waarom ontstaan cpg eilanden thv promotors
- het behoud van deze eilanden is indicatief voor het feit dat deze regio's een functioneel belang hebben nl regulatie van genexpressie - bij genen die vaak actief zijn dus weinig gemethyleerd worden - ze staan onder selectieve druk omdat ze genexpressie reguleren en worden zij beschermd tegen mutaties
34
prent met weefselspecifieke methylatiepatronen: opbouw
kolom: weefseltype rij: Cpg dinucleotiden geel: niet gemethyleerd blauw: gemethyleerd
35
epigenetisch markeersysteem
- weefselspecifieke methylatie patronen/histonmodificaties en dna methylatie worden doorgegeven aan dochtercellen
36
functie rna pol I, II, III
I: rRNA precursor II: mRNA snRNA miRNA III: tRNA 5S RNA snRNA
37
waarom vallen rRNA genen onder het satelliet dna
- de transcritie-eenheden liggen tandem naast elkaar - snelle transcriptie om snel veel ribosomen te hebben
38
mitochondriale transcripitie
- door nucleair gecodeerde rna polymerasen - opbouw is verwant aant prokaryote rna polymerase - heeft een grote en kleine subunit - de kleine is verwant aan de sigma factor, de grote aan het rna polymerase van een bacteriofaag
39
terminatie van de transcriptie
pol I: -> door specifieke dna bindende factor die stroomafwaarts bindt pol II: -> gekoppeld aan vorming poly A staart pol III: -> vorming U sequentie

Cel IV: mobi en genetica (14 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions