8. Eiwitadressering

Question 1

1e niveau van eiwitsortering

Answer 1

• vrij ribosoom
  -> cytosol
  -> mitochondrien
  -> peroxisomen
  -> celkern
• ER gebonden ribosoom
  -> er
  -> extracellulair of celmembraan
  -> lysosomen
  -> Golgi

Question 2

wat target een eiwit naar de mitochondriën

Answer 2

• een amfipatische helix thv N-terminus

Question 3

sortering naar de mitochondriën

Answer 3

• in het cytosol zijn Hsc70 chaperonnes gebonden die opvouwing verhinderen
• targeting sequentie aan n terminus bindt aan de import receptor
• de import pore opent
• gaat ook door een porie thv binnenmembraan
• eens in matrix w signaalsequentie verwijderd en assisteert hsc70 correcte opvouwing
  => Tom en Tim eiwitten

Question 4

wat target een eiwit naar de peroxisomen

Answer 4

een PTS1 signaal
-> Ser-Lys-Leu

Question 5

nucleair transport

Answer 5

NLS: rijk aan arg en lys
NES: rijk aan leu
importines en exportines
actief transport
ran eiwit
GAP in cytosol
GEF in kern

Question 6

groot verschil nucleair import en export

Answer 6

import:
-> binding van ran-gtp aan importine/cargo complex zorgt voor dissociatie
export:
-> binding ran-gtp aan exportine zorgt net dat het cargo kan gebonden worden

Question 7

ER signaalpeptide

Answer 7

• N terminaal
• 16-30 aminozuren
• centraal hydrofobe aminozuren
• links basische (+) AZ’en
• recht hydrofiele (+/-) AZ’en

Question 8

SRP

Answer 8

• 6 eiwitten
• rna molecuul
• een deel bevat Met residuen voor herkenning van ERSS
• een deel interageert met het ribosoom om translatie te pauzeren
• een deel herkent de srp receptor

Question 9

link tussen rna van srp en SINE

Answer 9

alu elementen zijn uit dat rna geevolueerd

Question 10

co-translationeel transport

Answer 10

• srp herkent erss
• translatie pauzeert
• srp dockt op srp receptor
• eens dat goed zit hydrolyseert gtp van srp en srp receptor
• ribosoom intrigeert met het translocon dat nu opent
• ew synthese gaat verder
• signaalpeptidase klieft erss
• direct tussenkomst van chaperones voor correcte opvouwing

Question 11

samenstellende eiwitten van het translocon

Answer 11

• tram
• sec61

Question 12

wat wordt bedoeld met topogene sequenties bij membraaneiwitten

Answer 12

• sequenties die dienst doen als signaal voor hoe het eiwit in de membraan moet zitten
  -> SA en STA

Question 13

type 1 membraaneiwit

Answer 13

• STA -> hydrofobe az’en
• N terminus intraluminaal, C terminus in cytosol
• signaalpeptide w afgekliefd

Question 14

type 2 membraaneiwit

Answer 14

• SA -> hydrofobe AZ’en
• SA werkt als signaalpeptide en sta tegelijkertijd
• SA w door srp herkend, waarna docking
• SA komt in translacon, w er dan uitgeplaatst
• translatie zet verder
• er w dus geen signaalpeptide afgekliefd
• N-terminus in cytosol, C-terminus intraluminaal

Question 15

type 4 membraaneiwit

Answer 15

• afwisseling SA en STA

Question 16

GPI-linked membraaneiwitten

Answer 16

• eerst synthese van membraaneiwit volgens type 1 -> STA
• N-terminus intraluminaal, c-terminus cytosol
• endoprotease herkent een sequentie net na STA
  -> knipt en koppelt aan GPI

Question 17

voorbeelden van extracellulaire eiwitten

Answer 17

elastine, collageen

Question 18

wat bepaalt de routing van vesikels

Answer 18

• de manteleiwitten
• COPII: anterograad transport tss er en golgi
• COPI: retrograad transport binnen Golgi en tussen Golgi en er
• Catherine: van Golgi naar lysosomen of extracellulair, ook bij endocytose

Question 19

waarom moeten transportvesikels zuur zijn en hoe wordt dit gedaan

Answer 19

• via V-ATPasen
• pompt H+ intraluminaal onder ATP hydrolyse
• zuur milieu is nodig in lysosomen voor de functie van lysosomale enzymes
• bepaalt ook interactie receptor - cargo

Question 20

vesikelvorming bij copII vesikels

Answer 20

• sar1 gtpase is inactief (zit aan gdp)
• associatie met sar12 (GEF° activeert het
• het staartje komt naar buiten en het nestelt zich in de membraan
• sec23/24 manteleiwitten interageren met deze sar1 ew’en
• de vorm vd manteleiwitten zorgt voor budding
• de mantelew’en zijn aan het cargo gekoppeld; direct of via zijn receptor
• na gtp hydrolyse komen de sar1 en sec23/24 eiwitten los -> uncoating

Question 21

vorming van een clathrine vesikel

Answer 21

• AP (assembly partikels) aan de binnenkant
• daarrond driebenige clathrine eiwitten die membraan aantrekken
• afsnoering door dynamine, onder gtp hydrolyse

Question 22

hoe komt het cargo in de juiste vesikel terecht + vb’en

Answer 22

• intrinsieke signalen
• KDEL voor residentiële ER-eiwitten
• M6P voor lysosomale enzymes

Question 23

afleveren van cargo

Answer 23

• v en t snares voor vesikelfusie en cargo delivery
• rab gtpase voor targeting

Question 24

kwaliteitscontrole in het ER

Answer 24

• misgevouwen eiwitten activeren de UPR (unfolded proteïne respons)
• bip komt los van IRE-1 en bindt het misgevouwen eiwit
• IRE1 polymeriseert en w gefosforyleerd
• dit complex zorgt voor een soort splicing in het XBP1 mRNA
• hier wordt het XBP1 eiwit uit gevormd dan naar de kern gaat als transcriptiefactor
• ERAD- en chaperone eiwitten w eindstand gemaakt

Question 24

sortering van residente ER eiwitten

Answer 24

- hebben KDEL sequentie - interactie met kdel receptor is pH afhankelijk - lage pH in Golgi zorgt voor koppeling en verpakking in COP1 vesikels - fusie met er membraan, pH is daar weer hoger dus het eiwit komt los in het ER lumen

Question 25

voorbeelden waarbij endocytose een rol speelt

Answer 25

- opname van ew'en uit ecm voor afbraak - opname van metabolieten: bv opname van cholesterol, Fe - opname van hormonen en cytokines, of hun receptoren om oversignalisatie te vermijden => endocytose is hier vaak cylisch