7. RNA interferentie Flashcards
(18 cards)
idee achter rna interferentie
- een antisense RNA complementair aan het mRNA hybridiseert en verhindert translatie
RNAi mechanisme
- miRNA gen w door rna pol II afgeschreven
-> ss met een ds hairpin
-> pri-miRNA - drosha knipt de hairpin eruit en laat aan 3’ 2 tot 3 nt’en overhangen
-> pre-miRNA - exportine-5 brengt de hairpin uit de kern
- Dicer bindt met Paz domein aan 3’ overhangend eindje en knipt 21 nt verder
-> matuur miRNA - helicasen ontwinden het tot ss miRNA
- inbouw in RISC
samengesteld uit argonaut eiwitten
samenstelling bepaalt mechanisme
het miRNA dient als guide voor het target mRNA
kenmerken van het miRNA
- 21 nucleotiden
- bindt vnl thv 3’ UTR op het mRNA
- nucleotide 2-9 is de seed sequentie die perfect matcht met het target
mechanismen voor afbraak
RISC bevat AGO2
-> rnase activiteit
-> mRNA w verknipt
-> voorwaarde: perfecte match van het hele miRNA
RISC bevat geen AGO2
-> ofwel sterische hinder tav ribosomen
-> ofwel histon methylatie en zo gen silencing
wat zijn bij 2 mechanismen waardoor siRNA een sterk effect heeft op bv c elegans
- amplificatie vn siRNA door RdRP
-> transitieve rnai
-> andere transcripten kunnen ook geëlimineerd worden - cel-cel overdracht van siRNA via transporters zoals Sid-1 of receptoren
wat is het eerste miRNA dat werd ontdekt
lin-4
wat zijn verschillen tussen siRNA en miRNA
siRNA
-> siRNA is exogeen
-> komt van dsRNA
-> geen genen die coderen voor siRNA
miRNA
-> is endogeen
-> w van een gen afgeschreven
-> hairpin precursor
rol van RNAi
- anti-viraal
- ontwikkeling
bv lin-4 downreguleert Lin-14 omdat het vanaf een bepaald stadium id ontwikkeling niet meer actief moet zijn - fysiologische processen
-> spatiotemporele expressie van miRNA voor spatiotemporele expressie van genen
-> rol in kanker en immuunsysteem
rol van miRNA in kanker + voorbeelden
- miRNA als tumorsuppressor
- miRNA als oncogen: oncomir
CLL;
-> deletie in een tumorsuppressor miRNA
-> te weinig onderdrukking van een oncogeen miRNA zoals bcl-2 wat apoptose remt
-> bcl-2 komt te lang of te fel tot expressie
-> te weinig apoptose
borst-colon-long
-> defect in oncomir dat te veel tot expressie komt
-> tumorsuppressorgenen worden te fel onderdrukt
-> zoals PTEN wat celoverleving remt
-> celoverleving is te hoog
reverse genetics experimenten bij zoogdieren
met siRNA
-> synthetisch gemaakt
-> maar is tijdelijk
met shRNA
-> via retroviraal plasmide
-> integratie in het genoom
-> voor langdurig effect
-> heeft endogene drosha en dicer nog nodig
toepassingen van RNAi
- antagomirs tegen bv oncomir
- genetische aandoening onderdrukken
- tegen infecties
- kanker
- primaire hyperoxalurie
- ASO
hoe kan ASO helpen voor genetische aandoeningen
- kunnen splicing beïnvloeden en het eiwit corrigeren
- kunnen het mRNA doen degraderen of translatie blokkeren
toepassingen van ASO
- voor sma
-> het aso zorgt voor meer inclusie van exon 7 thv smn2 gen - voor DMD
-> aso induceert hier een exon skipping ven exon
-> DMD wordt naar becker omgezet
welke medicatie (ASO) voor DMD en SMA
eteplirsen voor DMD
spinraza voor SMA
snoRNA
- gecodeerd door intronen van eiwitten die betrokken zijn bij ribosoom functie of assemblage
- sturen de processing van rRNA
ribosoom assemblage
- 45S pre-rRNA transcript
-> afgeschreven door pol I in nucleolus
-> verknipping tot 18 S -> kleine subunit en 5.8 + 28 S -> grote subunit - in nucleus schrijft rna pol III 5S af voor grote subunit
tRNA processing
- pol III schrijft pre-tRNA af
- basen worden gemodificeerd
- UU aan 3’ -> CCA 3’; dit is universeel voor alle basen
-16 b aan 5’ w verwijderd - 14b intron w verwijderd
sequentiekoppeling bij tRNA
- gebeurt niet via GU-AG
- niet met transeserificaties
