HC02 - Eiwitstructuren Flashcards
Wat zijn L aminozuren?
Een van de twee spiegelbeeld isomeren, genaamd het L isomeer en het D isomeer. Alleen een L aminozuur kan een bouwsteen zijn van een proteïne.
Wat is een dipolair ion?
Een ion dat zowel een positieve als een negatieve lading draagt. Heet ook wel een zwitterion.
Wat is de standaard structuurformule van een aminozuur?
Noem de 4 groepen waarin aminozuren verdeeld kunnen worden
- Aminozuren met zijketens die bij neutrale pH positief geladen zijn
- Aminozuren met zijketens die bij neutrale pH negatief geladen zijn
- Aminozuren die bij neutrale pH geen lading, maar wel een polair karakter hebben
- Aminozuren met hydrofobe (apolaire) zijketens
Noem de 9 aminozuren op met hydrofobe zijtakken
- Alanine (ala)
- Fenylalanine (phe)
- Glycine (gly)
- Isoleucine (ile)
- Leucine (leu)
- Methionine (met)
- Proline (pro)
- Tryptofaan (tyr)
- Valine (val)
Noem de 6 aminozuren die een polair karakter hebben
- Asparagine (asn)
- Cysteïne (cys)
- Glutamine (gln)
- Serine (ser)
- Threonine (thr)
- Tyrosine (tyr)
Noem de 3 positieve aminozuren
- Arginine (Arg)
- Histidine (His)
- Lysine (Lys)
Noem de 2 negatieve aminozuren
- Aspartaat (asp)
- Glutamaat (glu)
Wat is er bijzonder aan 7 van de 20 aminozuren?
Tyrosine, cysteïne, arginine, lysine, histidine, aspartaat en glutamaat kunnen zowel ionische bindingen vormen als protonen doneren en accepteren voor bepaalde reacties.
Wat is een essentieel aminozuur?
Een aminozuur dat niet gesynthetiseerd kan worden en dus in het dieet moet worden opgenomen.
Wat is een peptide binding?
De binding tussen aminozuren om zo een eiwit te vormen. Het is een verbinding tussen een carboxyl groep van het ene aminozuur en een aminogroep van het andere aminozuur.
Wat ontstaat er bij de vorming van een peptide binding?
Een vrij water molecuul
Hoe noem je een serie van aminozuren die aan elkaar zitten met peptide bindingen?
Een polypeptide keten
Wat is een dalton?
Een eenheid van gewicht bijna gelijk aan dat van een waterstof atoom. Het staat gelijk aan 1 g/mol.
(een eiwit met een moleculair gewicht van 50.000 g/mol heeft dus een gewicht van 50.000 daltons)
Wat is het verschil tussen cysteïne en cystine?
Twee cysteïne aminozuren kunnen een cross-link vormen en het resultaat noem je cystine.
Hoe zal een polypeptide keten zich vormen in water?
De hydrofobe zijtakken van de aminozuren zullen naar binnen vouwen, waardoor de hydrofiele takken naar buiten zullen wijzen.
Bestaat een peptide binding in een proteïne vooral uit trans- of uit cis-verbindingen?
Uit trans-verbindingen, omdat bij een cis-verbinding er meestal een botsing ontstaat tussen dezelfde restgroepen.
Hoe vouwt een eiwit zich normaal gesproeken automatisch?
Tot de conformatie met de laagste energie
Wat zijn de twee belangrijkste motieven bij de ruimtelijke vouwing van polypeptide-ketens? Hoe noem je deze structuren ook wel?
α-helix en β-sheets,
Secundaire structuren
Hoe worden de structuren van de α-helix en β-sheets gestabiliseerd?
Door waterstofbruggen tussen -N-H en O=C- groepen van de peptidebindingen
Wat zie je op dit plaatje?
Het schema hoe waterstof zal binden. In de α-helix vormt de CO groep van aminozuur ‘n’ een binding met de NH groep van aminozuur ‘n+4’
Wat is een β-streng?
Een polypeptide keten die bijna helemaal is uitgerekt.
Wat is het verschil tussen a en b?
Bij a zie je twee strengen die in tegenovergestelde richting van elkaar lopen, zogeheten een antiparallel β-sheets.
Bij b zie je twee strengen die in dezelfde richting van elkaar lopen, zogeheten een parallel β-sheets.
Wat is een coiled coil?
The α-helixen in elkaar gedraaid. Deze structuren vindt je terug in keratine, zoals van haar en wol
Wat voor soort structuur heeft collageen?
Een triple helix
Voorbeeld
Wat is een supersecundaire structuur?
Een bepaalde combinatie van secundaire structuren die aanwezig zijn in veel eiwitten, die ook vaak dezelfde taak uitvoeren.
Wat is een eiwit domein?
Een onafhankelijk gevouwen eenheid in de tertiaire structuur van een polypeptideketen.
Voorbeeld
Voorbeeld
Overzicht
Leg aan de hand van prionen uit waarom secundaire en tertiaire structuur belangrijk is voor het goed functioneren van het eiwit.
Prionen (PrPsc ) hebben zelfde primaire sequentie als normaal niet pathogeen eiwit (PrPc ) maar afwijkende secundaire en dus tertiaire structuur
Hoe wordt een prion gevormd?
Dat is nog niet helemaal bekend.
Wat is eiwitaggregatie?
Het biologische fenomeen waarbij verkeerd gevouwen eiwitten samenklonteren en schadelijke effecten teweegbrengen.
Welke van de twee plaatjes is een Fischer weergave en welke is een stereochemische weergave?
A = stereochemische weergave
B = Fischer weergave
Is glycine asymmetrisch?
Nee, het heeft geen 4 verschillende zijgroepen
Zet bij A t/m E of het geldt voor proline, tyrosine, leucine en lysine
A = leucine, proline
B = lysine
C = tyrosine, lysine
D = tyrosine, lysine
E = tyrosine
A = 6
B = 2
C = 3
D = 1
E = 4
F = 5
Het iso-elektrisch punt (pI) is de pH waarbij een molecuul geen nettolading heeft. Het aminozuur glycine heeft twee ioniseerbare groepen: a) een carboxylzuurgroep met een pKa van 2,72 en b) een aminogroep met een pKa van 9,60. Bereken de pI van glycine.
Welke 3 aminozuren hebben een aromatisch component in hun zijketen?
Een aminozuur met twee ioniseerbare groepen kan in vier mogelijke ionisatietoestanden voorkomen. Teken de vier mogelijke ionisatietoestanden voor alanine en geef aan welke toestand overheerst bij pH 1, pH 7 en pH 11.
Bepaal de pKa voor de carboxyl-groep en de amino-groep van dit aminozuur
Bedenk dat de pKa de pH is waarbij de concentratie van de niet geïoniseerde vorm van een molecuul gelijk is aan de geïoniseerde vorm. De carboxylgroep in figuur 3.2 heeft een pKa
van iets meer dan 2, terwijl de aminogroepen een pKa van 9 hebben.
De R-groep van lysine heeft een aminogroep die positief geladen kan zijn of een proton kan verliezen om neutraal te worden. De pKa waarde van de aminogroep is 10,8. Bepaal de fractie van de aminogroep die geprotoneerd is bij pH=9,8 en pH=11,8
Glutaminezuur heeft een R-groep dat een carboxyl-groep bevat waarvan de pKa 4,1 is. Welk gedeelte van de R-groep carbonzuur is geprotoneerd bij pH=2,1 en pH=7,1?
