Lezione 7:Trascrizione Flashcards
(22 cards)
Quali sono le funzioni di questi RNA
-mRNA
-snRNA (piccoli RNA nucleari)
-rRNA
-tRNA
-miRNA
-siRNA
-piRNA (Piwi)
-lncRNA
-mRNA—-> codificano per proteine
-snRNA (piccoli RNA nucleari)—-> splicing del pre-RNA
-rRNA—-> per formare ribosomi
-tRNA—-> trasporta aa
-miRNA—-> regola espressione genica
-siRNA—-> regola espressione genica
-piRNA (Piwi)—-> proteggono le cellule germinali
-lncRNA—-> lunghi RNA non codificanti
Dimmi 3 cose sulla RNA polimerasi
-svolge la doppia elica del DNA e aggiunge ribonucleosidi 3P in direzione 5’->3’
-NON necessita di primers (sintesi DE NOVO)
-per capire da dove iniziare a trascrivere ha bisogno di segnali codificanti
Dimmi 5 differenze tra DNApol e RNApol
Cos’è la TATA Box?
Una delle sequenze promotrici della trascrizione
Cos’è la sequenza terminatore?
Sequenza AT preceduta da una sequenza simmetrica di DNA che si avvolge in una struttura a forcina
Cos’è il concetto di occupancy?
Frequenza con cui RNA pol si lega alla sequenza promotrice (più la sequenza promotrice è simile alla sequenza ottimale (es. TATA box), più RNA pol si lega ad essa per più tempo)
Quali sono le fasi della trascrizione?
Di default la trascrizione è bloccata o attiva
-nei batteri
-negli eucarioti
-nei batteri—-> è attiva
-negli eucarioti—> è inattiva (perchè c’è la cromatina e quindi bisogna attivare dei meccanismi per rendere accessibile il DNA)
Qual è la struttura della RNApol nei batteri?
-nucleo enzima (complesso di subunità)+ subunità delta (riconosce il promotore= oloenzima
Come avviene la trascrizione nei batteri?
Quali sono i 3 tipi di RNA pol negli eucarioti e cosa fanno?
RNApol I—-> trascrive geni che codificano per rRNA e RNA del nucleolo
RNA pol II—-> trascrive geni che codificano per proteine (ha un dominio carbossiterminale che, quando viene fosforilato, permette di iniziare la trascrizione)
RNA pol III—-> trascrive geni che codificano per tRNA (il fattore σ riconosce il promotore)
Cosa sono i fattori generali di trascrizione(TFII)?
Sono proteine che riconoscono le sequenze promotrici per avvitare la trascrizione (svolgono una funzione simile alla subunità delta della RNApol batterica).
Sono TFIIA, TFIIB, TFIIC, TFIID (riconosce solo TATABOX), TFIIH
Cos’è il PIC (Pre initiation complex)?
Fattori generali di trascrizione+promotore
Da cosa è formato il complesso di inizio della trascrizione?
Fattori generali di trascrizione, RNApol II, promotore, enhancer (aiutano il complesso a formarsi
Dimmi 3 cose sugli enhancer
-sono proteine attivatrici che si trovano ad una certa distanza dal promotore
-Aiutano il complesso trascrizionale a formarsi grazie al mediatore (permettono elevati livelli di trascrizione:infatti il mediatore permette alle proteine attivatrici di comunicare correttamente con la RNApol II e con i fattori di trascrizione)
-determinano quando e in quale cellule deve essere espresso il gene
RNA pol funziona quando è
-fosforilata
-defosforilata?
fosforilata (viene fosforilata sul dominio C terminale)
Come avviene la trascrizione con la RNApol II negli eucarioti?
1)riconoscimento templato—->
*TFIID riconosce TATABOX
*si inizia a formare il PIC (protore, e alcuni fattori di trascrizione)
*viene reclutata la RNA pol II (si forma il complesso di inizio della tracsrizone)
*TFIIH—-> aiuta RNApol a svolgere la doppia elica del DNA grazie alla sua subunità contenente una DNA elicasi
2)inizio abortivo—-> TFIIH fosforila RNA pol e vengono prodotti piccoloi RNA che poi vengono subito rilasciati
3)allungamento
4)terminazione
Dimmi la struttura del promotore della RNA pol I
-ha due regioni principali
* una per il legame con la proteina UBF (stabilizza promotore)
*una per il legame con SL1 (Complesso di posizionamento della RNApol 1)
Cos’è oil meccanismo di backtracking?
Questo è un processo in cui la polimerasi, durante la sintesi dell’RNA, può fermarsi, tornare indietro e riprendere la trascrizione. Questo avviene principalmente in risposta a errori o ostacoli che la polimerasi può incontrare, come un errore nella corretta appaiatura dei nucleotidi o l’incontro con proteine fisse nel DNA.
Dimmi 2 proteine coinveoltre nel backtracking
TFIIS è un fatto generale di trascrizione
Cos’è il gene HEATSHOCK
Quali tra le 3 RNApol eucariotiche possono fare il backtracking? Perchè?
Solo le polimerasi I e II perchè sintetizzano RNA più lunghi rispetto a quelli sintetizzati da RNA pol III (tRNA), per questo necessitano di meccanismi di correzione
