Lezione 3 Pt.2: Cromatina Flashcards
(25 cards)
Da cosa è composta la cromatina?
DNA+ istoni+ proteine non istoniche
Qualò è l’elemento strutturale di base della cromatina?
Nucleo soma
Qual è la struttura di un istone?
Ripiegamento istonico (3 alfa eliche connesse da due anse)
Qual è la struttura del nucleosoma?
Ottamero istonico (core)+ 1 DNA linkers (nell’uomo sono lunghi circa 40pb)
Qual è la struttura di un ottamero istonico del nucleosoma?
Come è costituito un tetramero del core del nucleosoma?
- 2 ripiegamenti istonici (ossia 2 istoni diversi) formano un dimero tramite una “hand shake” (stretta dei mano)
-2 dimeri si associano
In cosa si divide la cromatina?
-eterocromatina—->
*molto condensata
*costituisce il 10% della cromatina
*contiene pochi geni (NON ACCESSIBILE) (normalmente il DNA è sotto forma di etero cromatina)
*eucromatina—-> meno condensata (ACCESSIBILE)
Come si compattano i nucleosomi per formare la cromatina?
Grazie a quale istone si ottiene l’impilamento dei nucleosomi per formare la cromatina?
Grazie all’istone H1—>
*istone più grande di tutti
*si lega ad ogni nucleosoma
Qual è la spiegazione del nome degli istoni?
-H sta per …
-il numero sta per…
-H—-> istone
-numero—> velocità dell’istone in un gel di proteine
Quante code n-terminali presenta un singolo nucleosoma?
8
(Una per ogni istone presente nel core)
Quali sono i 3 modi in cui la cellula può accedere al DNA quando quest’ultimo è sottoforma di cromatina?
1) complessi di rimodellamento della cromatina dipendenti da ATP
2)modifiche post tradizionali degli istoni
3)integrazione di istoni varianti
Come funzionano i complessi di rimodellamento della cromatina dipendenti da ATP?
Cos’è il concetto di occupancy dei nucleosomi?
probabilità che una specifica sequenza di DNA sia occupata da un nucleosoma in una popolazione cellulare.
In altre parole, indica la densità di nucleosomi in una regione genomica specifica.
Cosa vuol dire che una regione del genoma ha
-alta occupancy
-bassa occupancy
Di nucleosomi?
• Bassa occupancy: le regioni con bassa occupancy di nucleosomi, come i promotori, sono generalmente più accessibili ai fattori di trascrizione, facilitando l’attivazione genica.
• Alta occupancy: le regioni con alta occupancy tendono ad essere più compatte, riducendo l’accessibilità e spesso associandosi a silenzio genico.
Come fa ad avvenire la trascrizione in regioni del DNA che presentano nucleosomi?
-la trascrizione ha inizio da regioni prive di nucleosomi
-quando la RNApol incontra un nucleosoma, viene momentaneamente smontato il core (solo il dimero H2A-H2B).Questo smontaggio parziale permette alla polimerasi di passare attraverso il nucleosoma, con il dimero H3-H4 che rimane attaccato.
-Dopo il passaggio della polimerasi, il dimero H2A-H2B si riassembla dietro di essa,
Come avviene la replicazione del DNA in regioni con nucleosomi?
Deve avvenire il totale smontaggio del nucleosoma altrimenti la replicazione non avviene
Quali sono le 4 modificazioni post tradizionali degli istoni? Su quali aa avvengono?
1) acetilazione—-> Lys
2) metilazione—-> Lys (fino a 3)/ Arg (fino a 2)
3)ubiquitinazione—-> legame isopeptidico tra COOH di ubiquitina e NH2 dell’aa dell’istone
4) fosforilazione—-> Ser/Thr
In quale punto dell’istone avvengono le modifiche post traduzionali?
Sulle code N-terminali degli istoni
Quale enzima catalizza la
-acetilazione di Lys
-metilazione di Arg e Lys?
-acetilazione di Lys—-> enzima: lisina acetilassi
-metilazione di Arg—-> arginina metil transferasi
-acetilazione di Lys—-> lisina metil transferasi
Cosa sono gli enzimi
-writers
-erasers?
Fai esempi
-writers—-> aggiungono le modifiche post traduzionali degli istoni (es. acetilasi, metiltransferasi)
-erasers—-> tolgono le modifiche post traduzionali degli istoni (es. deacetilasi, deubiquitinasi, demetilasi)
Qual è l’istone che viene maggiormente modificato tra quelli che costituiscono il core del nucleosoma? Perchè?
Istone H3.
Infatti quando passa la RNApolimerasi, questa
stacca H2A ed H2B, che rientrano nel pool. H3 ed H4
rimangono attaccati. Se H3 ed H4 hanno una
modificazione, la riescono a mantenere. È inutile
invece modificare H2A ed H2B perché non
manterebbero la modificazione perché poi vengono
ripresi altri dal pool.
Quali sono le 3 modificazioni post traduzionali più importanti dell’istone H3? Cosa significano?
A cosa servono queste varianti istoniche?
-H2AZ
-H2AX
-macroH2A
-H3.3
-H2AZ—->aderisce al DNA in maniera più salda rispetto ad H2A. Costituisce un sistema di controllo: infatti se una polimerasi finisce accidentalmente in quel punto del DNA, la trascrizione non può avvenire fin quando non viene rimosso l’istone
-H2AX—-> viene fosforilato ad H2Agamma per indicare un danno del DNA
-macroH2A—-> segnala la presenza di eterocromatina
-H3.3—> viene incorporato nei nucleosomi recentemente trascritti e che devono essere trascritti nuovamente
