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Transcripción Flashcards

(80 cards)

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1
Q

burbuja de transcripción

A

lugar de sintesis de rna (40nt/s) que se mantiene dentro de la rna polimerasa que desenrrolla el dna (12-20pb)

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2
Q

sitio de iniciación:

A

primer par de bases que se transcribe (+90% purina)

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3
Q

transcrito primario:

A

-es el producto inmediato de la transcripcion
-extremos 5´-3´originales
-procariotas: de degrada rapidamente (rnam) o madura a rrna y trna
-eucariotas: se modifica en los extremos (mrna) o madura (todos los rna´s)

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4
Q

etapas de transcripcion:

A

-reconocimiento del molde
-iniciacion
-elongacion
-terminacion

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5
Q

reconocimiento del molde:

A

-union de la rna polimerasa al promotor
-separacion del duplex del dna
-formacion de la burbuja de transcripcion

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6
Q

iniciacion:

A

-sintesis de los primeros 9nt del rna
-se presentan intentos abortivos liberando pequeños rnas (-9nt)
-termina cuando la enzima abdona el promotor

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7
Q

elongacion:

A

-cadena de rna crece
-la burbuja de transcripcion se mueve

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8
Q

terminacion:

A

-reconocimiento del terminador (punto de adicion de la ultima base al RNA)
-la burbuja de transcripcion colapsa enseguida

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9
Q

en eubacterias una sola holoenzima:

A

sintetiza todo el mRNA, rRNA, tRNA

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10
Q

core o nucleo

A

alfa2betabeta’
no distingue entre promotores y otras secuencias, se una al dna debilmente

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11
Q

sigma

A

-se requiere para reconocer al promotor
-se libera al termino de la iniciacion, evitando que la enzima quede parada en el promotor
-libre no reconoce al dna evitando bloquear los promotores

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12
Q

fuerza del promotor

A

frecuencia de iniciacion (1s rRNA a 1/30min lac)
determinada en parte por la afinidad de la holoenzima hacia dicha secuencia

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13
Q

fragmentos de 60pb

A

son secuencias de consenso conservadas(esenciales)

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14
Q

secuencia de consenso -10
t80a95t95a60a50t96

A

procariotes: señal para el reconocimiento de la rna pol
eucariotes: para factores basales de la transcripcion recluten a la rna polimerasa, se una y complete la fase de iniciacion

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15
Q

35%

A

genes clase 2, no clase 1
casi ninguno de clase lll

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16
Q

secuencia consenso -35
t82t84g78a65c54a45

A

permite la conversion de la forma cerrada a abierta (duplex dna desnaturalizado) del complejo

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17
Q

rpoA

A

-2 subunidades alfa
-40kda cada una
-ensamblaje de la enzima reconocimiento del promotor une algunos activadores

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18
Q

rpoB

A

-subundad beta
-155kda
-centro catalitico

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19
Q

rpoC

A

-subunidad beta’
-160kda
-centro catalitico

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20
Q

rpoD

A

-subunidad sigma
-32-90kda
-especificidad del promotor

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21
Q

la mayoria de los sitios de union a la enzima estan corriente…

A

arriba de -10 en la misma cara de la cadena no molde (codificante)

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22
Q

terminadores intrinsecos

A

-no requieren factor externo
-requiere la formacion de un tallo burbuja
(hairpin) en el rna transcrito
-si el num de bases G-C y poli U es mayor de 9, la rna polimerasa hace una pause pero no termina la trnascripcion
-el hibrido rU-dA tiene un apareamiento mucho mas debil quue cualquier otro hibrido RNA-DNA

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23
Q

Rho

A

-factor auxiliar de la RNA polimerasa
-tiene actividad ATPasa dependiente y actividad helicasa que separa rna-dna
-interacciona con la subunidad beta de la rna polimerasa
-modelo del objetivo caliente

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24
Q

terminadores dependiente de la rho

A

-abundante en genoma fago
-requiere secuencia de 50 a 90 bases corriente arriba del terminador
ricas en C y pobres en G

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25
ciclo de vida de la mrna procariota
-se traduce antes de terminar la transcripcion -inestable (tiempo de vida 2mino-) -se degrada 5'-3' -500 bases aprox, 180kda -mRNA aparece cada 2.5 min y la proteina 30s despues
26
tiempo de vida media de una mRNA en vertebrados
3hrs
27
rna polimerasa l
transcribe rRNAs (28s, 5.8s,18s) nucleolo
28
rna polimerasa ll
transcribe mRNA, miRNA, snRNA, otros nucleoplasma
29
rna polimerasa lll
transcribe tRNA,rRNA 5s, snRNA nucleoplasma
30
CIS
en la secuencia
31
trans
reconoce al cis del dna
32
elementos de respuesta
reguladores en cis localizados en un promotor o enhacer; permiten que un gen responda a una factor de transcripcion necesario para el inicio de la transcripcion
33
promotor
reconocido por los factores generales quienes se unen a la rna polimerasa constituyendo el aparato basal de transcripcion (complejo de iniciacion)
34
enhace
pueden modificar la transcripcion -elementos distales, a distancia considerable del promotor -puntos diana para la regulacion del tejido y o tiempo -las proteinas que lo reconocen interactuan con el promotor
35
RNA pol I
-secuencia bipartita. hacia el 5' del sitio de iniciacion. Core y UCE (elemnto de control rio arriba) -factores de transcripcion UBF1 (factor de union rio arriba), SL1 (factor selectivo)
36
RNA pol lll
-tipo 1 y 2. hacia el 3 (rio abajo) del sitio de iniciacion -tipo 3. hacia el 5' (rio arriba) del sitio de iniciacion -factores de transcripcion TFIIIA TFIIIB TFIIIC
37
elementos de vecindad inmediata
-50pb -del sitio de inicio de la transcripcion tienen una localizacion fija
38
factores generales basales TFII
-analogos a la fx sigma en procariotas -se requieren de todas las celulas para la transcripcion de todos los genes clase ll
39
promotor contiene:
-tata box (8pb) tipicamente -37 a -25 casi identica a la secuencia -10 procariota (35% genes clase ll)
40
TFllD
-lleva el reconocimiento inical del promotor -contienee a TBP(tata box) y TAFS(factores asociados a TBP,-11)
41
TAFS
-pueden variar para reconocer diferentes promotores -son equivalentes a los polipeptidos que siempre acompañan a TFIIIB y SL1, solo que TFIID pueden variar -algunos son homologos distantes de las histonas H3 y H4
42
TBP
-unico TFII que contacta una secuencia especifica de DNA -SE UNE AL SURCO MENOR -curva al dna 80° -permite interaccion de mas proteinas -nucleosoma impide la interaccion DNA-TBP
43
TFIIB
dos subunidades RAP74. helicasa ATP dependiente RAP38. une a la RNA polimerasa ll las primeras uniones fosfodiester se pueden formar antes de la llegada de TFllE
44
TFIIE y (TFIU y TFIIH)
permiten el movimiento alejandose del promotor
45
TFIIH
atpasa, helicasa y cinasa que fosforila el CTD de la RNA polimerasa II
46
CDT
-dominio carboxilo terminal de la subunidad mas grande de la rna polimerasa ll (consta de 10 subunidades) -26 a 50 repeticiones de aa eseciales para el fx de la enzima -forforila -COOH en residuos de serina o treonina antes de avanzar en la elongacion del mRNA -la guanilil transferasa se une a el -otros fatores de splicing se unen a el
47
transcrito primario:
pre-rna tiene la misma organizacion que el gen
48
heteronuclear
hrna es una RNP comprende el pre-mRNA y todo el material transcrito por la rna pol ll de amplia distribucion de tamaños
49
en mamiferos
en promedio son de 16kpb y poseen 7-8 intrones
50
genes constitutivos
-resultado de la interaccion entre la RNA polimerasa y el promotor, sin necesidad de regulacion adicional
51
genes adaptativos
-se expresan diferencialmente cuando la celula se adapta a una determinada situacion ambiental
52
eliminacion de intrones grupo l
autocatalitico. bacterias eucariotas inferiores
53
eliminacion de intrones grupo ll
autocatalitico. bacterias, mitocondria
54
eliminacion de intrones nucleares
spliceosoma (aparato de empales, arns y proteinas) gt-ag principalmente y AT-AC (1/10,000)
55
todos los intrones a excepcion...
de los pre-tRNAs nucleares, se escinden por reacciones de transesterificacion aunque los componentes cataliticos sean distintos
56
puntos de empalme:
-no hay homologia extensa entre los 2 extremos del intron -pero si GT... AG estan 100% conservadas
57
punto de ramificacion:
-region consenso dentro del intron necesaria para identificar el punto de empalme 3' -18-40 nt corriente arriba del punto de empalme 3'
58
secuencia que se necesita para que se reconozca el punto y empalme
UACUAAC
59
corte en el 5' del intron
-el exon en 5' se separa -el intron-exon a la derecha, forma un lazo en el que el 5' se un 2' a una base dentro del intron en el sitio de ramificacion
60
corte en el 3' del intron
-libera el intron libre en forma de lazo -el exon derecho queda empalmado al izquierdo
61
1ra reaccion
-la union 5' exon-intron es atacada por un 2'OH de la A conservada del sitio (punto) de ramificacion dentro del intron (nucleares y grupo ll) o una G (grupo l)
62
2da reaccion
-3'OH libre en el extremo del exon liberado ataca a su vez la union 3'intron-exon
63
spliceosoma:
-sus componentes unen secuencias consenso antes de que se produzca ninguna reaccion -snRNPs: U1, u2,u3,u5,u4,u6 -ribonucleoproteinas (1 snRNA de 100-300 bases y -20 proteinas) en eucariotas superiores -en conjunto en todas las snRNPs participan -40 proteinas
64
maduracion de los trnas
1. eliminacion de nucleotidos 5'-3' por la RNasa P y la RNasa D respectivamente 2. eliminacion de intrones 3. adicion del 3' CCA por la tRNA nucleotidil transferasa 4. madificacion de algunas bases
65
eliminacion de intrones del tRNA
-comprende actividades nucleasa y ligasa -no hayreacciones de transesterificacion -actividades enzimaticas estan dispuestas en diferentes dominios fx de una unica proteina +fosfodiesterasa (nucleasa) +polinucleotido cinasa +adenilato sintetasa (ligasa)
66
snRNA u1
tiene apareamiento de bases con el sitio de empalme 5'
67
isoformas proteincas
5' empalme intron 3' otro empale intron = dejas fuera un intron
68
RNA pol l
-un unico precursor 45s que contiene las secuencias de los 2 rRNAs (28s, 5.8s,18s) -a + de 1000 pb corriente abajo del extremo 3' maduro
69
RNA pol ll
-a mas de 1000 pb corriente abajo del extremo 3' maduro -se desconoce la naturaleza de los puntos de terminacion -extremo 3' se genera por ruptura seguida de poliadenilacion
70
RNA pol lll
-similar a la terminacion intrinseca de bacterias
71
da estabilidad al mensajero:
-secuencia AAUAAA localizada 11 a 30 nucleotidos corriente arriba del punto de adicion del poli A en 3'
72
poli A polimerasa
une aproximadamente 200 residuos de A
73
PABP
proteina de union al poli A se une cada 10-20 bases
74
poliadenilacion
-necesario para inicar la traduccion -mrna's de histonas no estan poliadenilados y su terminacion depende del snRNA U7 por apareamiento de bases
75
genoma circular
5 a 7 genomas mitocondirales por mitocondria
76
transcritos mitocondriales
-se transcriben ambas cadenas a partir de una sola region promotora en cada hembra -mRNAs poli A pero sin cap 5' -se producen 2 RNA gigantes: +Hebra H +Hebra L
77
hebra h
-pesada -2rrnas,14trnas y 10 mrnas
78
hebra l
-ligera -8trnas, 3rnas el 90% restante es degradado
79
mitorribosomas animales
-55s, rRNAs, 12s y 16s
80
genomas mitocondriales:
codifican principalmente para proteinas de membrana interna que forman complejos con proteinas codificadas en el genoma celular

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