factores geneticos responsables de enfermedades complejas

Question 1

como se detecta en una enfermedad cuanto tiene de factores geneticos y cuanto tiene de factor ambiental

Answer 1

estimando la heredabilidad y se calcula viendo cuanto de la varianza es atribuible a factores geneticos

Question 2

estudio GWAS

Answer 2

permite conocer los genes implicados en el desarrollo de enfermedades complejas con mucha heredabilidad

Question 3

polygenic risk scores

Answer 3

recoge todas sus variantes geneticas que implican riesgos y da una vison de la probabilidad global en funcion de sus genes

Question 4

que son las enfermedades complejas

Answer 4

enfermedades multifactoriales ( factores poligenicos + ambienteales)

Question 5

riesgo relativo. estudiios de agregacion en familias

Answer 5

se estudia la prevalencia de la enfermedad en la poblacion general y se compara con la prevalencia en un grupo de individuos relacionados entre si

Question 6

que pasa si la incidencia en la subpoblacion de parientes es significativamente más alta que en la poblacion general

Answer 6

hay factores geneticos implicados
- si uno tiene familiares que padecen esa enfermedad, su riesgo relativo de contraerla es mayor

Question 7

que pasa si la incidencia en la subpoblacion de parientes es más baja que en la poblacion general

Answer 7

enfermedad con bajo factor genetico

Question 8

heredabilidad. estudio en gemelos

Answer 8

gemelos:
- dicigoticos: comparten la mitad de info genetica
- monocigoticos: identicos geneticamente

Question 9

concordancia

Answer 9

si uno de los gemelos es diabetico el otro tambien

Question 10

discordantes

Answer 10

uno es diabetico y el otro no

Question 11

calculo de heredabilidad

Answer 11

dos veces la diferencia entre la tasa de concordancia en dicigoticos y tasa de concordancia en monocigoticos

Question 12

si hay una diferencia clara en las tasas de concordancia mono y dicigoticas

Answer 12

heredabilidad elevada
- cuanto mayor es diferencia, mayor son los factores geneticos

LO IMPORTANTE ES LA DIFERENCIA ENTRE LAS TASAS YA QUE SE ELIMINAN LOS FACTORES AMBIENTALES

Question 13

si no hay una diferencia clara en las tasas de concordancia mono y dicigoticas

Answer 13

las variantes genéticas no influyen mucho
- heredabilidad baja

LO IMPORTANTE ES LA DIFERENCIA ENTRE LAS TASAS YA QUE SE ELIMINAN LOS FACTORES AMBIENTALES

Question 14

tambien se puede estudiar la heredabilidad estudiando :

Answer 14

• valor fenotipico medio de los padres
• valor fenotipico medio de la descendencia

Question 15

como determinar los genes implicados en una enfermedad

Answer 15

GWAS
ver que regiones del genoma son responsables de la heredabilidad de una enfermedad

Question 16

en que consiste el estudio de GWAS

Answer 16

hacer dos cohortes
- pacientes (casos)
- controles, individuos sanos
1000 de cada grupo que tengan las mismas caracteristicas para excluir los factores ambientales

Question 17

porque se estudian los SNPs

Answer 17

cada SNP se asocia con un conjunto de genes en los que puede venir codificada la secuencia de nucleotidos que cause enfermedad

Question 18

como se hace un GWAS

Answer 18

1. fase de reclutamiento
2. genotipar 1 millon de SNPs
3. estudiar si hay alguna reg del genoma que predisponga a padecer la enfermedad –> MAF

Question 19

MAF ( minor allele frequency) se asocia a

Answer 19

enfermedad

Question 20

en que se dividen los SNPs del alelo menor que se estudian

Answer 20

• comunes (MAF >5%) baja penetrancia
• raros (MAF< 1%)
• variantes de baja freq (1%<MAF<5%)

Question 21

porque se denominan raras

Answer 21

llevan al desarrollo de enfermedad y se asocian con mortalidad alta

Question 22

haplotipos

Answer 22

combinacion de alelos para un SNP a lo largo del mismo cromosoma

Question 23

como calcular las probabilidades teoricas de que aparezca cada haplotipo

Answer 23

conociendo la freq alelica para cada SNP

Question 24

porque en un GWAS basta que uno estudie solo un SNP del bloque

Answer 24

tendra info sobre todo el bloque
cualquier SNP del bloque te da la misma info

Question 25

desequilibrio de ligamiento

Answer 25

fenomeno que hace que algunos haplotipos aparezcan con mas frecuencia de la esperada, mientras que otros ni se encuentran debido a la formacion de bloques haplotipicos

Question 26

haplotipo queda definido como

Answer 26

una agrupacion física de variantes genomicas que tienden a heredarse juntas

Question 27

en los bloques haplotipicos tenemos

Answer 27

los SNPs muy juntos esto hace que haya menor recombinacion a lo largo de los años.
- se heredan estos bloques
- dentro de cada bloque tenemos las mismas combinaciones

Question 28

valor p nos indica

Answer 28

la probabilidad de que esa diferencia entre casos y controles se deba al azar

Question 29

valor p nos da el valor probable de

Answer 29

que nuestras aproximaciones sean erroneas

Question 30

si p< 0.005 (5%)

Answer 30

la diferencia es estadisticamente significativa y estamos ante una señal de asociacion entre casos y enfermedad

Question 31

ODDS RATIO

Answer 31

indica cuanto de mayor es el riesgo de padecer una enfermedad si comparto el alelo para el SNP estudiado

Question 32

SNPs que estan por encima del umbral de asociacion en manhattan plots

Answer 32

mantienen una señal de asociacion con el fenotipo (enfermedad) estudiado

Question 33

donde se encuentra la heredabilidad perdida

Answer 33

variantes intermedias, especialmente en las de riesgos intermedios-bajos

Question 34

combined risk

Answer 34

clinical risk + polygenic risk
centrarse en gente con combined risk
- bajando los factores ambientales
- desarrollar terapia para preve nir la aparicion de enfermedad que ya sabemos los genes que predisponen la enfermedad