Cenni sulla selezione genomica Flashcards
(77 cards)
Che cos’è il linkage disequilibrium (LD)?
Il linkage disequilibrium (LD) è la correlazione statistica tra alleli di loci diversi, ovvero la tendenza di alcuni alleli di essere ereditati insieme più spesso del previsto.
Come funziona la selezione genomica basata sul linkage disequilibrium?
La selezione genomica basata sul linkage disequilibrium utilizza marcatori genetici come gli SNP per inferire la presenza di alleli favorevoli di un gene che influenza un tratto, senza conoscere la sua esatta posizione.
Qual è l’effetto del genotipo AA sull’SNP sulla produzione di latte?
Il genotipo AA sull’SNP corrisponde al genotipo inferito GG del gene Q, che determina un aumento della produzione di latte di +8 kg.
Perché utilizzare gli SNP per la selezione genomica se il gene Q è quello importante?
Gli SNP sono facili da genotipizzare su larga scala e permettono di selezionare animali con alleli favorevoli di Q senza conoscere la sua esatta posizione.
Come può essere utilizzata la selezione genomica per migliorare la produzione di latte?
La selezione genomica può essere utilizzata per selezionare animali con genotipo AA (→ GG) che determina un aumento della produzione di latte, e evitare accoppiamenti con genotipi TT (→ gg) che riducono la produzione di mamma Romagnola.
Che cosa sono gli SNP Chip?
Gli SNP Chip sono piattaforme ad alta efficienza che permettono di analizzare simultaneamente migliaia di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) in modo rapido ed economico.
Come funziona la tecnologia degli SNP Chip?
La tecnologia degli SNP Chip funziona attraverso l’ibridazione del DNA, l’estensione a singolo nucleotide (SBE) e la lettura del segnale fluorescente.
Che cosa è l’estensione a singolo nucleotide (SBE)?
L’estensione a singolo nucleotide (SBE) è un passaggio che aggiunge un nucleotide marcato fluorescentemente complementare all’allele presente in un locus specifico, conferendo specificità allelica.
Come viene letto il segnale negli SNP Chip?
Il segnale viene letto attraverso un laser che eccita i fluorofori legati ai nucleotidi, generando un segnale che indica se l’individuo è omozigote o eterozigote.
Qual è l’importanza degli SNP Chip nella genetica animale?
Gli SNP Chip sono importanti nella genetica animale per applicazioni come la selezione genomica, l’identificazione di marcatori legati a caratteri produttivi e lo studio della variabilità genetica.
Come possono essere utilizzati gli SNP Chip per la selezione genomica?
Gli SNP Chip possono essere utilizzati per genotipizzare migliaia di SNP in un animale e quindi utilizzare queste informazioni per selezionare animali con profili genomici favorevoli per caratteri specifici.
Quali sono le principali piattaforme commerciali per la genotipizzazione?
Le principali piattaforme commerciali per la genotipizzazione sono Illumina (Tecnologia BeadChip), GeneSeek (Neogen Corporation) – GGP Arrays e Thermo Fisher Scientific – Axiom Arrays.
Che cosa sono gli array di SNP di Illumina?
Gli array di SNP di Illumina sono piattaforme ad alta densità che permettono di analizzare simultaneamente migliaia di SNP in diverse specie, come ad esempio il PorcineSNP60 v2 per suini e il BovineSNP50/HD per bovini.
Quali sono le caratteristiche del GGP Bovine 150K Array di GeneSeek?
Il GGP Bovine 150K Array di GeneSeek è un array che contiene più di 134.000 SNP per selezione genomica e studi genetici, e include marcatori per caratteri produttivi, morfo-fisiologici e resistenza a malattie.
Come possono essere utilizzati gli SNP chip per la selezione genomica?
Gli SNP chip possono essere utilizzati per genotipizzare migliaia di marcatori in modo economico e accurato, e quindi utilizzare queste informazioni per migliorare programmi di selezione animale e identificare varianti genetiche utili in zootecnia e agrigenomica.
Qual è l’importanza della conoscenza dell’effetto di un profilo genomico su una particolare caratteristica?
La conoscenza dell’effetto di un profilo genomico su una particolare caratteristica è importante per stimare l’effetto di un genotipo su un fenotipo, come ad esempio la produzione di latte o la resistenza a malattie.
Come può essere stimato l’effetto di un genotipo su un fenotipo?
L’effetto di un genotipo su un fenotipo può essere stimato utilizzando metodi statistici come la regressione lineare del fenotipo sul genotipo.
Quali sono le applicazioni pratiche della genotipizzazione SNP?
Le applicazioni pratiche della genotipizzazione SNP includono la selezione genomica, l’identificazione di geni associati a caratteri produttivi o di adattamento, e gli studi di parentela e diversità genetica.
Come viene costruito il profilo genomico di un toro?
Il profilo genomico di un toro viene costruito attraverso l’analisi di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) associati a caratteri di interesse zootecnico, come la produzione di proteine del latte o l’indice di merito cellulare (ICM).
Come vengono selezionati gli SNP rilevanti per il profilo genomico di un toro?
Gli SNP rilevanti vengono selezionati in base ai loro effetti noti su caratteri economicamente importanti, come la produzione di proteine del latte o la longevità.
Come viene calcolato il merito genetico totale di un toro? In genomica
Il merito genetico totale di un toro viene calcolato sommando gli effetti allelici di ciascun SNP rilevante, che sono stati predeterminati da studi genomici su popolazioni di riferimento.
Qual è la differenza tra la selezione tradizionale e la selezione genomica?
La selezione tradizionale si basa sull’indice pedigree del giovane toro, che è calcolato come media dei valori genetici stimati dei genitori, mentre la selezione genomica utilizza i dati genomici per stimare il valore genetico di un toro.
Come viene calcolata l’attendibilità dell’EBV pedigree di un toro giovane?
L’attendibilità dell’EBV pedigree di un toro giovane viene calcolata come (r_sire^2 + r_dam^2) / 4, dove r_sire^2 e r_dam^2 sono le attendibilità dei rispettivi EBV dei genitori.
Perché l’introduzione di dati genomici aumenta l’accuratezza della selezione?
L’introduzione di dati genomici aumenta l’accuratezza della selezione perché aggiunge informazione diretta sul genotipo dell’animale, riducendo l’incertezza associata alla stima del valore genetico basata solo sul pedigree.
