Kolokwium II - organizacja DNA Flashcards
(144 cards)
1
Q
Jaki jest wagowy stosunek zawartości histonów do dwuniciowych cząsteczek DNA w chromatynie?
A
prawie taki sam
2
Q
Czym są białka niehistonowe wchodzące w skład chromatyny?
A
enzymy biorące udział w replikacji DNA i procesie transkrypcji
3
Q
Z czego składa się chromatyna?
A
- histony
- białka histonowe
- białka niehistonowe
- niewielka ilość RNA
4
Q
Jak wygląda chromatyna pod mikroskopem?
A
nukleosomy powiązane pasmami DNA
5
Q
Co to jest nukleosom?
A
DNA owinięte wokół skupiska cząsteczek histonów
6
Q
Które histony są najsłabiej związane z chromatyną?
A
H1
7
Q
W jaki sposób możemy usunąć histony H1 z chromatyny?
A
(łatwo) stosując roztwór soli
8
Q
Co się dzieje z chromatyną po usunięciu histonów H1?
A
chromatyna staje się rozpuszczalna
9
Q
Jakie rodzaje histonów zawiera rdzeń nukleosomu?
A
H2A, H2B, H3 i H4
10
Q
Czym charakteryzuje 1/3 końca N histonów?
A
większość aminokwasów jest zasadowa
11
Q
Jakim rodzajom kowalencyjnych modyfikacji ulegają histony rdzenia nukleosomu?
A
- acetylacji
- metylacji
- fosforylacji
- ADP-rybozylacji
- monoubikwitylacji
- sumoilacji
12
Q
Co to jest SUMO?
A
small ubiquitin-related modifier = mały modyfikator związany z ubikityną
13
Q
Jak oddziaływają ze sobą histony rdzenia?
A
- H2A i H2B tworzą dimery
- H3 i H4 tworzą tetramer (zawierający po dwie cząsteczki kazdego z nich)
14
Q
W jaki sposób DNA jest nawinięty w nukleosomie?
A
jak lewoskrętna helisa
15
Q
Jaki kształt przypomina histonowy rdzeń?
A
dysk
16
Q
Na jakiej powierzchni histony oddziałują z DNA?
A
na wewnętrznej powierzchni superzwoju
17
Q
Jaka część histonów wystaje poza superzwój?
A
końce aminowe (mogą ulegać modyfikacjom)
18
Q
Która składowa nukleosomu odgrywa kluczową rolę w tworzeniu tej struktury?
A
tetramer (H3/H4)2
19
Q
Co tetramer (43/H4)2 narzuca DNA?
A
właściwości podobne do tych, jakie ma cały nukleosom
20
Q
Ile par zasad jest nawiniętych na histonowy rdzeń?
A
146 = 1,75 superhelikalnego zwoju
21
Q
Jakie znaczenie dla DNA ma ciągłe stykanie się z oktamerem histonowym?
A
DNA jest w ten sposób chronione przed trawieniem nukleazą
22
Q
Jakie znaczenie mają dimery H2A-H2B dla cząsteczki nukleosomu?
A
stabilizują cząsteczkę i wiążą silnie dwa dodatkowe półskręty DNA
23
Q
Co to jest fazowanie?
A
preferencja nukleosomów do pewnych regionów na specyficznych cząsteczkach DNA
24
Q
Jaką średnicę ma struktura nukleosomu?
A
10 nm
25
Jaką wysokość ma struktura nukleosomu?
5 nm
26
Jaką grubość ma włókienko chromatynowe?
10 nm
27
Jaką grubość ma włókno chromatynowe?
30 nm
28
Ile par zasad dzieli nukleosomy w strukturze włókienka chromatynowego?
30 pz
29
Ile nukleosomów przypada na jeden skręt we włóknie chromatynowym?
6-7
30
Jaką strukturę stabilizują histony H1?
włókno chromatynowe
31
W jakie struktury są upakowane nici chromatyny w chromosomie interfazowym?
w pętle lub domeny
32
Jak wpływa stopień kondensacji chromatyny na dostępność DNA?
im bardziej upakowana chromatyna tym DNA jest mniej dostępne (=unieczynnione transkrypcyjnie)
33
Czemu odpowiada każda wypętlona domena chromatyny?
oddzielnej funkcji genetycznej
34
Czym się różnią odcinki chromatyny aktywnej transkrypcyjnie od odcinków chromatyny nieaktywnej transkrypcyjnie?
- struktura nukleosomowa jest zmieniona lub (w bardzo aktywnych regionach) nie występuje
- zawiera obszerne regiony wrażliwe na trawienie nukleazą
35
Czym są nadwrażliwe miejsca w obrębie regionów aktywnych transkrypcyjnie chromatyny?
krótkie odcinki (100-300 nukleotydów) wykazujących zwiększoną wrażliwość na DNazę-I
36
Gdzie w chromatynie występują krótkie miejsca nadwrażliwe?
bezpośrednio przed aktywnym genem
37
Co to jest heterochromatyna?
chromatyna nieaktywna transkrypcyjnie
38
Jakie upakowanie wykazuje heterochromatyna?
gęste
39
Co to jest euchromatyna?
chromatyna aktywna transkrypcyjnie
40
Jakie upakowanie wykazuje euchromatyna?
mniejsze niż heterochromatyna
41
Jakie wyróżniamy typy heterochromatyny?
- konstytutywna
| - fakultatywna
42
Czym charakteryzuje się heterochromatyna konstytutywna?
jest zawsze upakowana = zawsze nieaktywna
43
Gdzie w obrębie chromosomu znajdujemy heterochromatynę konstytutywną?
w pobliżu centromeru i w telomerach
44
Czym charakteryzuje się heterochromatyna fakultatywna?
niekiedy jest skondensowana, a niekiedy ma wygląd euchromatyny i jest aktywnie przepisywana
45
Z czego składa się chromosom?
z dwóch siostrzanych chromatyd połączonych w centromerze
46
Gdzie jest zlokalizowany centromer w chromosomie?
w każdym chromosomie ma swoje charakterystyczne położenie
47
W jakie pary zasad bogaty jest centromer?
w pary A-T
48
Jaką funkcję w chromosomie pełni kinetochor?
jest miejscem zakotwiczenia wrzecion mitotycznych
49
W jakie pary zasad bogaty jest telomer?
w pary T-G
50
Jaka sekwencja jest powtarzana w obrębie ludzkiego telomeru?
5'-TTAGGG-3'
51
Jaką funkcję pełni telomeraza?
odpowiada za syntezę telomerów
52
Za co jest odpowiedzialne skracanie się telomerów?
za transformację nowotworową i starzenie
53
Z czego składa się telomeraza?
z wielu podjednostej i RNA
54
Jaką aktywność transkrypcyjną wykazuje chromosom metafazowy?
prawie zawsze żadną
55
Co to jest hnRNA?
heterogenny jądrowy RNA = pierwotny transkrypt DNA
56
Czym są introny?
niekodujące regiony DNA
57
Czym są eksony?
kodujące regiony DNA
58
Co jest dłuższe: introny czy eksony?
introny są znacznie dłuższe niż eksony
59
Z jakich klas sekwencji składa się DNA?
- unikatowych = niepowtarzalnych
| - powtarzalnych
60
Co zawierają unikatowe sekwencje DNA?
pojedyncze kopie genów kodujących białka
61
Jak mogą być sklasyfikowane sekwencje DNA powtarzające się?
- umiarkowanie często powtarzające się
| - często powtarzające się
62
Gdzie są zlokalizowane w obrębie chromosomu sekwencje często powtarzające się?
w obrębie centromeru i telomerów (=heterochromatyna)
63
Jaką funkcję pełnią sekwencje niekodujące?
mogą odgrywać rolę strukturalną
64
Gdzie są zlokalizowane w obrębie chromosomu sekwencje umiarkowanie często powtarzające się?
rozproszone pomiędzy sekwencjami unikatowymi
65
Jak dzielimy umiarkowanie często powtarzające się sekwencje DNA?
- LINE = długie rozproszone sekwencje powtarzalne
| - SINE = krótkie rozproszone sekwencje powtarzalne
66
Co to jest retropozon?
sekwencja, która powstała w wyniku przemieszczenia z jednego miejsca do drugiego
67
W jaki sposób powstają LINE i SINE?
za pośrednictwem RNA, wskutek działania odwrotnej transkryptazy
68
Jaki rodzaj sekwencji SINE występuje w genomie ludzkim?
rodzina Alu
69
Ile procent ludzkiego genomu stanowi SINE?
3-6%
70
Z ilu par zasad składają się sekwencje powtarzalne?
2-5
71
Ile razy jest powtórzona sekwencja kilku par zasad w sekwencji powtarzalnej?
do 50 razy
72
Jakie są najczęściej znajdywane sekwencje mikrosatelitarne?
dwunukleotydowe powtórzenia AC (a na drugiej nici TG)
73
Co to jest polimorfizm mikrosatelitarny?
heterozyhotyczność jakiejś powtarzającej się sekwencji u danego osobnika
74
Do czego może prowadzić wzrost liczby sekwencji trinukleotydowych?
może być przyczyną choroby
75
Co to jest niestabilność sekwencji mikrosatelitarnych?
wzrost liczny sekwencji trinukleotydowcych
76
Z jakimi chorobami i wzrost jakich sekwencji wiąże się niestabilność sekwencji mikrosatelitarnych?
- zespół łamliwego chromosomu X (CGG)
- pląsawica Huntingtona (CAG)
- dystrofia miotoniczna (CTG)
- atrofia mieśniowa rdzeniowo-opuszkowa (CAG)
- choroba Kennedy'ego (CAG)
77
Co to jest rekommbinacja?
wymiana informacji genetycznej między podobnymi lub homologicznymi chromosomami
78
Co to jest pseudogen?
nieaktywny segment DNA powstały wskutek mutacji miejsca aktywnego genu macierzystego
79
Z ilu nukleotydów składają się cząsteczki interferującego RNA?
24-25
80
Jaką funkcję pełni siRNA?
łączy się z mRNA i niszczy zawartą w nim informację genetyczną jeszcze zanim trafi ona do rybosomów
81
Jaką funkcję (poza strukturalną dla kwasów nukleinowych) pełnią nukleotydy?
- wchodzą w skład koenzymów (NAD+, FAD)
- stanowią efektory allosteryczne reakcji enzymatycznych (ATP, CTP)
- aktywują metabolity (UDPG)
- stanowią podstawową formę magazynowania energii (ATP)
- pośredniczą w procesach przekazywania sygnałów między komórkami (cAMP, cGMP)
82
Jaka wolna grupa znajduje się na końcu 5' łańcucha polinukleotydowego?
grupa fosforanowa
83
Jaka wolna grupa znajduje się na końcu 3' łańcucha polinukleotydowego?
-OH
84
W jakim kierunku zachodzi synteza łańcucha polinukleotydowego?
ZAWSZE! 5'→3'
85
Jaki enzym odpowiada za syntezę łańcucha polinukleotydowego w DNA?
polimeraza DNA
86
Na jaki proces i w jaki sposób wpływa pirofosforan?
hamuje proces mineralizacji
87
Nukleozasady są hydrofilowe czy hydrofobowe?
hydrofobowe
88
Ile wynosi czas połowicznej hydrolizy wiązań fosfodiestrowych w DNA?
200 milionów lat
89
Jakie wyróżniamy rodzaje nukleaz?
egzonukleazy (3'→5' i 5'→3') oraz endonukleazy
90
O czym mówią reguły Chargaffa?
A=T i C=G oraz A+G=T+C
91
Szkielet cukrowo-fosforanowy DNA jest hydrofilowy czy hydrofobowy?
hydrofilowy
92
Pod jakim kątem względem siebie są skręcone zasady w podwójnej helisie DNA?
36°
93
Ile wynosi średnica helisy DNA?
2nm
94
Jaką długość mają rowki helisy DNA?
duży ok. 2,2nm
| mały ok. 1,2nm
95
Co jest eksponowane w rowku dużym helisy DNA?
zawsze N-7 puryn
96
Czemu służy ekspozycja N-7 puryn w rowku dużym?
N-7 puryn może tworzyć wiązania wodorowe z donorowymi grupami białek
97
Czy cała długość helisy DNA ma strukturę B-DNA?
mogą występować krótkie odcinki Z-DNA
98
Ile wynosi okres powtarzalności B-DNA?
3,4nm
99
Ile par zasad przypada na jeden skok w B-DNA?
10 pz
100
Czym różni się cząsteczka cukru nukelozasady w B-DNA i A-DNA?
konformacją
101
Która forma nukleozydów jest dominująca: syn czy anty?
anty
102
Gdzie mamy do czynienia z konformacją syn nukleozydów?
w przypadku guaniny w Z-DNA
103
Jaką średnicę ma Z-DNA?
2nm
104
Z-DNA jest prawo- czy lewoskrętne?
lewoskrętne
105
Ile par zasad przypada na jeden skok w Z-DNA?
12 pz
106
Ile wynosi okres powtarzalności w Z-DNA?
3,7-4,5 nm
107
Gdzie ma znaczenie Z-DNA?
w regulacji ekspresji genów
108
Jaką siłę mają wiązania stabilizujące podwójną helisę DNA?
są stosunkowo słabe, ale sumują się
109
Jakie oddziaływania stabilizują podwójną helisę DNA?
- wiązania wodorowe
| - oddziaływania warstwowe pomiędzy płaszczyznami zasad
110
Jaką funkcję w stabilizacji DNA pełnią wiązania wodorowe?
sklejają razem dwie nici DNA
111
Jakie oddziaływania odgrywają rolę pomiędzy płaszczyznami zasad w DNA?
kombinacja odziaływań hydrofobowych i sił van der Waals'a
112
W jakie aminokwasy są bogate białka histonowe?
lizynę i argininę
113
Jakie wiązania stabilizują strukturę oktameru histonowego połączonego z DNA?
wiązania jonowe
114
W jaki sposób można rozluźnić wiązania jonowe pomiędzy histonami a DNA?
zmianą ładunku (łatwiej zmienić ładunek w histonach)
115
W jaki sposób najczęściej doprowadza się do zmiany ładunku w histonach?
acetylacją lizyny
116
Jak wygląda reszta acetylowa?
-COCH3
117
Co to jest deacetylacja?
usuwanie reszt acetylowych
118
Co to jest HDAC?
histonowa deacetylaza
119
Co to jest HAT?
histonowa acetylotransferaza
120
W regulacji jakich procesów uczestniczy HDAC?
- transkrypcji
- ekspresji genów
- składania genów
- różnicowania i regulacji cyklu komórkowego
121
Skondensowana chromatyna jest zacetylowana czy zdeacetylowana?
zdeacetylowana
122
W leczeniu jakiego schorzenia jest stosowany kwas waiproinowy?
padaczki
123
Czym są sirtuiny i w jaki sposób działają?
enzymy długowieczności, działające przez regulację transkrypcji i utrzymywanie stabilności genomu
124
Do jakiej grupy deacetylaz należą sirtuiny?
NAD+-zależnych
125
Czego składnikiem jest resveratrol?
czerwonego wina
126
W jaki sposób wpływa resveratrol na myszy labolatoryjne?
wpływa na poprawę zdrowia i długość życia, aktywuje sirtuiny
127
Ile razy jest skrócone B-DNA w włóknie solenodiu?
40-krotnie
128
W jakiej fazie jest chromatyna zwinięta we włókno solenoidu?
w czasie interfazy
129
Jaka masa histonów jest obecna w DNA?
zawsze w równowagowej ilości z DNA
130
Jaka masa białek niehistonowych jest obecna w DNA?
0,05 do 1 g / g DNA
131
Jakie białka stanowią bałka niehistonowe DNA?
enzymy jądrowe, receptory hormonów, białka regulatorowe
132
Co to jest gen strukturalny?
fragment DNA zawierający informację niezbędną do syntezy biologicznie funkcjonalnego produktu (białko lub RNA)
133
Ile procent genomu ludzkiego koduje białka?
około 3% (zmienne)
134
W jakim celu istnieją tandemowo powtarzające się geny?
dla białek lub cząsteczek RNA potrzebnych nagle w dużej ilości w komórce
135
Co to jest tandem?
liczne kopie tej samej sekwencji, które leżą przylegle jedna do drugiej
136
Ile par zasad tworzy powtarzalną sekwencję w wysoko powtarzalnej sekwencji?
< 10 pz
137
Dla kogo Alu sekwencja jest charakterystyczna?
dla naczelnych
138
Jaki enzym rozpoznaje Alu sekwencję?
Alu restryktaza
139
Jakie wyróżniamy rodzaje tandemowych sekwencj powtarzających się?
mikro- i minisatelity
140
Z ilu nukleotydów składają się sekwencje mikrosatelitarne?
< 13 pz
141
Z ilu nukleotydów składają się sekwencje minisatelitarne?
10-100 pz
142
Ile razy powtarzana jest sekwencja w przypadku mikrosatelitów?
5-100 razy
143
Ile razy powtarzana jest sekwencja w przypadku minisatelitów?
wielokrotnie zablokowane kopie
144
W obrębie sekwencji kodujących czy niekodujących pojawiają się sekwencje Alu?
niekodujących
