F16 Kobling og Genetisk test Flashcards Preview

Genetik > F16 Kobling og Genetisk test > Flashcards

Flashcards in F16 Kobling og Genetisk test Deck (23)
1

Syntene loci

koblede eller ukoblede loci, som sidder på samme kromosom

2

Gametdannelse

Kønscelledannelse.

Oogenese og spermatogenese via meiose

3

Parentaltype gamet

Gamet af samme haplotype som ligner forældres haplotype

4

Rekombinant gamet

Gamet af overkrydset haplotype fra med forældres haplotype

5

Fuldstændig kobling

- Loci sidder tæt
- Overkrydsning forekommer ikke imellem loci

Dvs. Rekombinantfraktionen er 0cM

Der sker aldrig rekombinationer.

6

Haplotype

Typen af alleler på det enkelte kromosom

(gametens genotype = haplotype)

7

Koblede loci (linked loci)

Udtryk for hvor tæt loci er placeret

0cM: Fuldstændige koblet loci

Under 50cM: Koblet loci

Over 50cM: Ufuldstændig koblet loci

8

Overkrydsningshyppighed (recombination frequency)

Frekvensen af rekombinanter iblandt gameter

Stiger med afstanden mellem loci (hvor lidt eller ikke-koblede kromosomerne er)

9

Genetisk afstand i centiMorgans (cM)

Defineret ud fra graden af rekombinanter:

10% rekombinanter = 10cM

0cM = Fuldstændig kobling

Mere end 50cM = Fri rekombination (ukoblede)

To loci med 20cM afstand har gametfordelingen parentaltype 10 - 2 rekombinanttype

10

Fysisk afstand i basepar

1cM = 1MB

11

Genetisk testning

Direkte og indirekte metode

12

Direkte metode

Undersøgelse af en sekvens for en mutation, typisk kun med DNA fra den pågældende person.

Påvisning af den sygdomsfremkaldende mutation hos den pågældende person


Ulemper: Locusmarkører er ikke altid entydig informativ.
Frit koblede loci kan overkrydse og dermed give et tvetydigt billede

13

Nævnt nogle DNA markører

Probe mærket med fx fluorescens grundlag for spektralanalyse fx hvis man ønsker locus tæt koblet til sygdomslocus:
- SKY
- SNP (få alleller)
- RFLP (få alleller)
- VNTR (mini- eller mikrosatellit)

14

Indirekte metode

Undersøgelse af sygdomslocus vha. polymorf DNA markør koblet til sygdomslocus

Følge nedarvningen i familien af sygdomsallel vha. DNA markør koblet til sygdomslocus

Ulemper: Locusmarkører er ikke altid entydig informativ.
Frit koblede loci kan overkrydse og dermed give et tvetydigt billede

15

Bærerdiagnostik

Påvisning af sygdomsfremkaldende mutation hos den pågældende person

16

Koblingsuligevægt

Association mellem et allel på koblede loci.

Koblede loci på et allel forekommer hyppigere sammen end forventet ud fra et allels hyppighed i befolkningen


Loci med koblinguligevægt er tæt koblede

En specifik haplotype (kombination af alleler på to eller flere oci) forekommer i en befolkning hyppigere end man vil forvente hvis allelerne på var frit kombinerende

17

Association

Det at to uafhængige forhold optræder hyppigere sammen end forventet ud fra hvert forholds hyppighed.

Fx. Sammenhæng mellem sygdom og mutation

(GWAStudy)

Genetiske egenskaber i et individ der med en sandsynlighed kan associeres med et sygdomsudtryk.

Fuld penetrans letter associationen

18

GWAS

Genome Wide Association Study
At kortlægge hvilke mutationer der medfører hvilke sygdomme.

fx SNP, silence mutation, nonsense mutation etc.

19

Micro-array

DNA metode:

Kan bruges til at analysere hele genomet

Er en lille glasslide med 1000 huller i som indeholder syntetiseret DNA sekvenser.

Hvert hul reagerer på et specifikt DNA sekvens

De huller der er komplimentære til cDNA

20

SNP-array

En type af Micro-array hvor man kun bruger enkelt nukleotid udskiftninger

21

Kobling

Nært placerede loci omtales som koblede.

0cM = Fuldstændig kobling

Mere end 50cM = Fri rekombination (ukoblede)

To lobi med 20cM afstand har gametfordelingen parentaltype 10 - 2 rekombinanttype


10% rekombinanter = 10cM

22

Hvorfor svigter koblingsanalysen sommetider?

- Non-informativ markør (ikke tilstrækkelig polymorf, dvs. for få alleller)
- Overkrydsning mellem sygdomslocus og markørlocus (løs kobling)
- locus heterogenitet

23

Tjekke for mutationer:

Mutation kendt:
- PCR

Mutation Ukendt, men genet Kendt:
- DNA sekventering af exons og exon-intron overgangen

Mutation Kendt, men genet Ukendt:
- DNA sekventering af hele genomet