F21 GWAS og SNP array og Bioinformatik

Question 1

GWAS

Genom Wide Association Study

Answer 1

Kan bruges til at detektere de normale variationer.

Gør brug af SNP chips hvis tag-SNPs spænder hele genomet

Jo flere og des længere reads, des nemmere at afgøre

Fordele:
- Nemt, hurtigt, billigt

Begrænsninger:
- Detekterer ikke sjældne varianter

Udfordringer:
- ‘Nål i en høstak’

Question 2

Association

Answer 2

Statistisk sammenhæng mellem en egenskab og betingelse, fx en allel og en sygdom

Ved en association mellem to målte størrelser forstås en sammenhæng, der gør at de er afhængige

Uafhængige:
- Ingen association

Afhængige:
- Association

Ingen association svarer til OR = RR = 1

Question 3

Relativ risiko (RR)

Answer 3

Syge og ikke-syge bærere.

En stikprøve (udtryk af hele populationen)

N = antal
sb = syge bærer
si = syge ikke-bærer
i alt = i alt

RR = (Nsb/Nialt) / ( Nsib/Nialt IkkeB)

AA	AB+BB Antal syge individer	490	510 Antal raske individer	902	98

510/98 = 5,2 = RR
490/902 = 0,54 = RR

Question 4

Odds-ratio (OR)

Answer 4

Udregne association eller en betingelse, fx blive syg med/uden allellen

Syge bærere ud af antal bærere.

Ved sjælden sygdom tilnærmes RR = OR = 1 = ingen association

AA	AB+BB Antal syge individer	490	510 Antal raske individer	902	98

510/98 = 5,2 = RR
490/902 = 0,54 = RR

5,2/0,54 = 9,6 = OR

OR = 9,6

Question 5

SNP array / SNP chip

Single (Nucleotide Polymorfism)

Answer 5

Man bruger SNP som sekvenser

Glasplader som er spottet med oligonukleotider –> belysning af laserlys detekteres SNP-alleler

Mutation med variation af kun én base.
fx AATTCCGG
= AATTCTGG
Hvor C = T

SNP notation angives for kodende gen (homozygot og heterozygote fremkomster)

Question 6

Sekventering (DNA sekvensering)

Answer 6

Metode med forskellige farve amplituder, påviser mutationer

Enkelte basesekvenser gengives med farve

• Heterozygot:
• 2 forskellige farver i samme locus

Homozygot:
- Samme farve i samme locus

Question 7

Bioinformatik

Answer 7

Indhentning af information fra biologisk data

Question 8

p-værdier betyder:

Answer 8

• Associationens størrelse
• Studiets størrelse (større studie –> mindre usikkerhed)

Det betyder at:
- Små p-værdier –> Stor evidens for association

• Store p-værdier –> små/lille eller ingen evidens for association

Question 9

Koblingsstudie vs. GWAS

Answer 9

Kobling:

• Sjældne varianter
• Høj penetrans
• Lav opløsning
• '’Running in the family’’

GWAS:

• Hyppige varianter
• Lav penetrans
• Høj opløsning
• Anden hyppighed i syge

Dvs. Kobling har en højere effekt ved sjældne, svære detektive sygdomme, mens GWAS har en højere frekvens i befolkningen